结论：将父亲生前占有的合伙份额转让给他人被认定无效后，处理方式主要取决于无效的原因及合伙协议、相关法律的具体规定。以下从不同角度进行分析：
一、无效原因及基本处理原则
违反法律强制性规定或公序良俗：
- 若转让行为因违反法律强制性规定（如未经其他合伙人同意擅自转让）或公序良俗（如恶意串通损害他人利益）而被认定无效，根据《民法典》的相关规定，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
- 处理方式：在此情况下，转让方需将合伙份额返还给原权利人（通常是父亲的继承人），若因转让行为给其他合伙人或合伙企业造成损失的，还需承担相应的赔偿责任。
未经其他合伙人同意：
- 根据《合伙企业法》的规定，合伙人向合伙人以外的人转让其在合伙企业中的财产份额的，在同等条件下，其他合伙人有优先购买权；但是，合伙协议另有约定的除外。若未经其他合伙人同意擅自转让，且其他合伙人未行使优先购买权，该转让行为可能被认定无效。
- 处理方式：转让行为无效后，转让方需与受让方协商解除转让协议，并恢复原状。若其他合伙人愿意购买该合伙份额，可按照合伙协议或法律规定进行转让；若其他合伙人不愿购买，则该合伙份额仍归原权利人所有。
二、合伙协议有特别约定的情况
- 若合伙协议中对于合伙份额的转让有特别约定（如转让需经全体合伙人一致同意、转让需满足特定条件等），且转让行为违反了这些约定，那么该转让行为可能因违反合伙协议而被认定无效。
- 处理方式：在此情况下，需首先审查合伙协议的具体约定，并按照约定处理。若合伙协议未明确约定无效后的处理方式，则可参照上述基本处理原则进行。
三、后续行动建议
审查合伙协议：
- 首先，应仔细审查合伙协议中关于合伙份额转让的条款，了解转让的具体要求和限制。
协商解决：
- 在转让行为被认定无效后，转让方与受让方应首先尝试通过协商解决争议，如解除转让协议、恢复原状等。
寻求法律救济：
- 若协商无果，可依据相关法律规定和合伙协议约定，向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
注意证据收集：
- 在处理此类纠纷时，应注意收集相关证据（如转让协议、合伙协议、其他合伙人的意见等），以便在诉讼或仲裁中证明自己的主张。
示例说明：假设父亲生前与张三、李四共同成立了一家合伙企业，并签订了合伙协议。协议中约定，合伙人向合伙人以外的人转让合伙份额需经全体合伙人一致同意。后父亲未经张三、李四同意，擅自将合伙份额转让给了王五。现该转让行为被认定无效。在此情况下，父亲（或其继承人）需与王五协商解除转让协议，并恢复原状。若张三、李四愿意购买该合伙份额，可按照合伙协议约定进行转让；若不愿购买，则该合伙份额仍归父亲（或其继承人）所有。
特别提醒：每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理此类纠纷时，建议根据实际情况咨询专业律师，以便得到更具体、更准确的法律建议。若您有任何关于婚姻家庭、遗产继承或公司法务方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。