结论：若营业执照已变更法人，但实际经营仍由原法人负责，为明确双方权利义务、避免法律风险，建议签订一份详细的《经营权或权益转让/委托经营协议》，协议需根据实际情况选择合适类型并明确关键条款。以下是具体说明：

一、协议类型选择

1. 若原法人将经营权转让给新法人，但因某些原因仍由原法人实际经营
   • 可签订《经营权转让补充协议》。这种协议是在营业执照法人变更（即形式上经营权主体已变更）的基础上，对实际经营情况进行补充约定。例如，新法人因缺乏经营经验或资源，与原法人协商由原法人继续实际经营一段时间，在此期间原法人按照约定向新法人支付一定费用或承担特定责任。
   • 协议中要明确转让的经营范围、期限、双方的权利义务、费用支付方式、违约责任等。比如，约定原法人在实际经营期间，需按照新法人的要求进行经营管理，定期向新法人汇报经营状况；新法人则需提供必要的支持和协助，如提供相关的资质文件等。
2. 若新法人委托原法人继续经营
   • 可签订《委托经营协议》。新法人作为委托方，将企业的经营事务委托给原法人（受托方）处理。原法人以新法人的名义开展经营活动，经营成果归新法人所有，原法人按照约定收取委托经营费用。
   • 协议中要明确委托经营的事项、期限、委托经营的权限范围、费用及支付方式、双方的权利义务、风险承担等。例如，约定原法人在委托经营期间，不得擅自处置企业的重大资产或进行重大投资决策，若因原法人的过错给新法人造成损失的，原法人需承担赔偿责任。

二、协议关键条款

1. 双方主体信息
   • 明确新法人（营业执照上登记的法人）和原法人（实际经营方）的详细信息，包括姓名、身份证号码、联系方式、住址等。如果是企业法人，还需提供企业的名称、统一社会信用代码、法定代表人信息等。
2. 经营事项及范围
   • 详细描述实际经营的业务范围，与营业执照上的经营范围相一致或明确具体的细分领域。例如，若营业执照上的经营范围是“餐饮服务”，协议中可进一步明确是中式餐饮还是西式餐饮，具体经营哪些菜品等。
3. 经营期限
   • 明确实际经营的起止时间。可以是固定的期限，如一年、两年等；也可以是根据特定条件确定的期限，如至某项目完成之日止。
4. 费用及支付方式
   • 若涉及费用支付，要明确费用的金额、支付时间、支付方式等。例如，原法人每月向新法人支付一定的管理费用，支付时间为每月的 5 日前，支付方式为银行转账。
5. 双方权利义务
   • 新法人的权利义务：新法人有权对原法人的经营活动进行监督和检查，要求原法人定期汇报经营状况；同时，新法人需提供必要的经营资质和资源支持，如提供营业执照、税务登记证等相关证件供原法人使用。
   • 原法人的权利义务：原法人有权在授权范围内自主开展经营活动；但需遵守国家法律法规和企业的规章制度，按照约定向新法人支付费用，保守企业的商业秘密等。
6. 违约责任
   • 明确双方违反协议约定应承担的责任，包括违约金、赔偿损失等。例如，若原法人未经新法人同意擅自转让经营权或处置企业资产，需向新法人支付一定金额的违约金，并赔偿新法人因此遭受的损失。
7. 争议解决方式
   • 约定双方在履行协议过程中发生争议的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。若选择仲裁，需明确仲裁机构；若选择诉讼，需明确管辖法院。

三、协议签订及生效

1. 签订形式
   • 协议应采用书面形式签订，双方当事人签字或盖章后生效。若双方是企业法人，还需加盖企业公章，并由法定代表人或授权代表签字。
2. 生效条件
   • 可以约定协议自双方签字或盖章之日起生效，也可以约定附条件的生效方式，如待某项手续办理完毕或某个事件发生后生效。

在签订协议前，建议你仔细审查协议条款，确保协议内容符合法律法规的规定，充分保障自己的合法权益。如果你对协议的签订还有疑问，可以直接向我咨询。