针对您提出的“未办理施工许可证施工下发停止施工仍在施工如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，必须明确的是，未办理施工许可证就进行施工属于违法行为。根据《中华人民共和国建筑法》及相关法规，这种行为将面临严厉的法律制裁。若您在收到停止施工的通知后仍继续施工，将进一步加重违法情节，可能面临更严重的处罚。
针对这种情况，我建议您采取以下措施：
立即停止施工： 首要任务是立即停止所有施工活动，以避免违法行为的持续和扩大。这是减轻可能面临的法律后果和经济损失的关键步骤。
咨询专业律师： 尽快联系专业的建筑法律或行政法领域的律师，以便了解具体的法律风险、应对策略以及后续的法律程序。律师将能够根据您的具体情况提供个性化的法律建议和指导。
补办施工许可证： 在律师的指导下，您应尽快准备齐全办理施工许可证所需的材料，并向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门提交申请。这通常包括建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工场地具备施工条件的证明等文件。
配合调查与整改： 如果行政部门已经介入调查，您应积极配合其工作，如实说明情况，并按照要求进行整改。这有助于展示您的合规意愿，并可能减轻处罚。
接受相关部门处罚： 根据相关法规，未取得施工许可证擅自施工的，将面临责令停止施工、限期改正以及处工程合同价款1%以上2%以下的罚款等行政处罚。您应做好承担相应法律责任的准备。
加强内部管理： 为了避免类似情况再次发生，您应加强内部管理和合规意识培训。确保在未来的项目中严格遵守相关法律法规和程序要求，从源头上防范法律风险。
此外，我还想提醒您注意一些特殊情况。对于工程投资额在30万元以下或者建筑面积在300平方米以下的建筑工程，根据相关规定可以不申请办理施工许可证。但如果您的情况不符合这一标准，那么必须依法办理施工许可证。
综上所述，面对未办理施工许可证但已经在施工且收到停止施工通知后仍继续施工的情况，您应立即停止施工、咨询专业律师、补办施工许可证、配合调查与整改，并承担相应的法律责任。同时，加强内部管理以防止类似问题再次出现也是至关重要的。希望这些建议能对您有所帮助。