结论：建筑老板在几年后要求补开发票的行为是否合法，需结合具体情况判断，但通常存在较大法律风险，且可能涉及税务合规问题。以下从不同角度展开分析：

1. 从合同关系与发票开具义务的角度

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。若建筑老板在收款时未履行开具发票的义务，几年后要求补开，虽法律未明确禁止补开，但需满足以下条件：
  • 双方存在真实交易：需提供合同、付款凭证、施工记录等证据证明交易真实性；
  • 未超过税务追责期限：税务机关对发票违规行为的追责期限通常为5年（自发现之日起计算），若已超过期限，税务机关可能不再处罚，但补开发票仍需符合税务规定；
  • 补开行为不损害国家税收利益：若补开发票导致重复纳税或偷逃税款，则可能被认定为违法。

2. 从税务合规与风险的角度

• 建筑老板的风险：
  • 若未在收款时开具发票，可能被认定为“应开未开”发票，面临税务机关罚款（根据《发票管理办法》第三十五条，可处1万元以下罚款）；
  • 若补开发票后未申报相应收入，可能构成偷税漏税，需补缴税款、滞纳金及罚款（滞纳金按日加收万分之五，罚款为偷税金额的0.5倍至5倍）。
• 您的风险：
  • 若未取得合法发票，您支付的900万元可能无法作为企业成本列支，导致企业所得税税负增加；
  • 若建筑老板补开发票后被税务机关查处，您可能被要求配合调查，甚至面临连带责任（如明知对方未纳税仍接受款项）。

3. 从实务操作的角度

• 建议补开流程：
  1. 双方签订补充协议，明确补开发票的金额、税率及责任；
  2. 建筑老板需向税务机关申报收入并缴纳税款（如增值税、个人所得税等）；
  3. 建筑老板向您开具合法发票，您需核对发票信息与交易一致。
• 风险提示：
  • 若建筑老板拒绝补缴税款，您可能面临无法取得合法发票的风险；
  • 若补开发票涉及虚开（如无真实交易），双方均可能承担刑事责任（《刑法》第二百零五条，虚开发票罪最高可处七年有期徒刑）。

4. 从法律救济的角度

• 若建筑老板拒绝补开发票，您可通过以下途径维权：
  • 向税务机关举报：要求税务机关责令其开具发票；
  • 民事诉讼：以“未履行合同附随义务”为由起诉，要求其补开发票或赔偿损失；
  • 行政复议/诉讼：若税务机关未履行监管职责，可申请行政复议或提起行政诉讼。

总结建议：
建筑老板补开发票的行为本身不违法，但需确保交易真实、税款缴纳合规。建议您：

1. 要求建筑老板提供完税证明及合法发票；
   
2. 核对发票信息与交易一致，避免虚开风险；
   
3. 若对方不配合，及时通过税务举报或法律途径维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。