结论：业主拆毁楼梯窗户超过3年是否还能起诉，需根据具体情况判断，主要涉及诉讼时效的适用及是否存在诉讼时效中断、中止等情形。以下从多个角度进行分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
二、诉讼时效的适用情况
一般情况：
- 如果业主在拆毁楼梯窗户后三年内，未向相关责任方（如物业公司、其他业主等）主张权利，且没有诉讼时效中断、中止的情形，那么超过三年后，业主再起诉可能会面临诉讼时效已过的抗辩，法院可能会驳回业主的诉讼请求。
诉讼时效中断：
- 诉讼时效中断是指在诉讼时效期间内，因发生法定事由，致使已经经过的时效期间统归无效，待时效中断的事由消除后，诉讼时效期间重新计算。
- 法定事由包括：权利人向义务人提出履行请求；义务人同意履行义务；权利人提起诉讼或者申请仲裁；与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
- 如果业主在三年内曾向相关责任方主张过权利，或者相关责任方曾同意履行义务，或者业主曾提起诉讼或申请仲裁等，那么诉讼时效可能会中断，并重新计算。
诉讼时效中止：
- 诉讼时效中止是指在诉讼时效进行中，因发生法定事由而使权利人无法行使请求权，暂时停止计算诉讼时效期间。
- 法定事由包括：不可抗力；无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；权利人被义务人或者其他人控制；其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
- 如果业主在三年内因上述法定事由而无法行使请求权，那么诉讼时效可能会中止，待事由消除后继续计算。
三、特殊情况下的诉讼时效
- 如果拆毁楼梯窗户的行为构成犯罪（如故意毁坏财物罪），那么业主可以向公安机关报案，由公安机关依法追究相关责任人的刑事责任。此时，刑事诉讼的追诉时效与民事诉讼的诉讼时效不同，且不受民事诉讼时效的限制。
四、法律建议
及时主张权利：
- 业主在发现楼梯窗户被拆毁后，应及时向相关责任方主张权利，并保留好相关证据（如照片、视频、书面通知等）。
咨询专业律师：
- 如果业主对诉讼时效、法律责任等方面存在疑问，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。作为苏湖城的专业律师，我擅长处理房产纠纷领域的问题，可以为你提供详细的法律咨询和辩护服务。
考虑其他救济途径：
- 如果诉讼时效已过，业主仍可以考虑通过协商、调解等其他途径解决纠纷，以维护自己的合法权益。