非法改装摩托车主要由公安机关交通管理部门进行查处。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、管理部门及职责

1. 公安机关交通管理部门：

   • 路面执法：交警在日常巡逻和检查中，有权对非法改装摩托车进行查处。他们重点关注车辆外观、声响等明显的非法改装迹象，如改装排气管、改变车身颜色或贴纸等未在规定时限内办理变更登记的情况。
   • 处罚措施：一旦发现非法改装摩托车上路行驶，交警可以依法扣留车辆，责令恢复原状，并根据情节轻重处以罚款。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征的，将面临警告或者二百元以下罚款的处罚。若情节严重，如涉及拼装机动车或使用伪造、变造的机动车号牌等，还可能面临更严厉的处罚，如暂扣或吊销驾驶证、拘留等。

2. 其他相关部门：

   • 虽然非法改装摩托车的直接查处主要由公安机关交通管理部门负责，但其他相关部门如交通运输管理部门、市场监督管理部门等也在各自职责范围内对非法改装行为进行监管。例如，交通运输管理部门可能对从事道路运输经营的非法改装摩托车进行处罚；市场监督管理部门则可能对生产、销售非法改装摩托车及相关零部件的行为进行监管。

二、法律依据

• 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法第十六条明确规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。这为公安机关交通管理部门查处非法改装摩托车提供了明确的法律依据。
• 《机动车登记规定》：该规定也要求机动车所有人在改变机动车使用性质、车身颜色、车身或车架等时，应向登记地车辆管理所申请变更登记。未按规定办理变更登记的，将面临相应的处罚。

三、非法改装摩托车的行为界定

• 非法改装摩托车通常指的是未经公安交通管理部门允许，擅自改装机动车有关技术数据与国务院机动车产品主管部门公告数据不符的行为。这包括但不限于改装摩托车的发动机、排气管、车身颜色、贴纸等。

四、法律建议

• 遵守法律法规：摩托车车主应严格遵守相关法律法规，不得擅自改装摩托车。如需对摩托车进行改装，应提前向公安交通管理部门申请并办理相关手续。
• 积极配合查处：如摩托车被查处为非法改装，车主应积极配合公安机关交通管理部门的查处工作，按要求恢复车辆原状并接受相应处罚。
• 举报非法改装行为：公众如发现非法改装摩托车行为，可以向公安机关交通管理部门进行举报。举报途径多样，包括电话举报（拨打110或122）、车管所举报、直接向交警举报、网站举报以及小程序举报等。

总结来看，非法改装摩托车主要由公安机关交通管理部门进行查处。车主应严格遵守相关法律法规，不得擅自改装摩托车，并积极配合查处工作。同时，公众也应积极参与举报非法改装行为，共同维护道路交通的安全与秩序。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。