合同甲乙双方是同一单位时，该合同仍然可以进行公证。以下从不同角度为您详细分析：

1. 公证的实质与目的

公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。其核心目的在于确认法律行为的真实性、合法性，并赋予其更强的证据效力。因此，无论合同双方是否为同一单位，只要合同内容真实、合法，且符合公证的法定条件，就可以进行公证。

2. 同一单位作为合同双方的情况

在实际操作中，同一单位内部的不同部门或分支机构之间，或者同一单位以不同身份（如作为买方和卖方）签订合同的情况并不罕见。例如，一个集团公司内部的不同子公司之间可能签订采购合同、销售合同等。这些合同在法律上同样具有效力，且可以进行公证。

3. 公证的具体操作

• 申请公证：合同双方（即使是同一单位的不同部门或分支机构）可以向当地的公证机构提出公证申请。
• 提交材料：需要提交合同原件、双方的身份证明（如营业执照、组织机构代码证等）以及其他可能需要的证明材料。
• 公证审查：公证机构会对合同的内容进行审查，确认其是否真实、合法，并符合公证的法定条件。
• 出具公证书：审查通过后，公证机构会出具公证书，证明合同的真实性和合法性。

4. 公证的法律效力

经过公证的合同具有更强的证据效力。在诉讼或仲裁中，公证文书通常被视为直接证据，无需其他证据佐证即可被采纳。这对于解决合同纠纷、保护合同双方的合法权益具有重要意义。

5. 注意事项

• 合同内容合法：无论合同双方是否为同一单位，合同内容都必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
• 公证费用：进行公证需要支付一定的公证费用，具体费用标准因地区而异。
• 公证机构的选择：应选择具有合法资质的公证机构进行公证，以确保公证的效力。

总结与建议：合同甲乙双方是同一单位时，该合同仍然可以进行公证。公证可以增强合同的证据效力，保护合同双方的合法权益。如果您在合同签订或公证过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。