公司在有未离职员工的情况下，理论上可以注销，但必须依法履行相关清算程序，并妥善处理员工的劳动权益，否则将承担严重的法律责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序角度
清算程序：根据《公司法》等相关法律规定，公司注销前必须成立清算组，进行严格的清算程序。清算组需自成立之日起十日内通知债权人，包括作为特殊债权人的员工，并在六十日内进行公告。在清算过程中，应清理公司财产，编制资产负债表和财产清单，处理与清算有关的公司未了结的业务。
员工权益优先：在清算过程中，公司应优先清偿员工的工资、经济补偿金等劳动权益。只有在所有债务，包括员工相关权益得到妥善处理后，才能申请注销登记。
二、劳动法律层面
劳动合同关系：公司与员工之间存在劳动合同关系，即意味着公司对员工负有提供劳动条件、按时支付报酬等法定义务。如果公司未经合法清算程序就擅自注销，实际上是在逃避这些法定义务，严重损害了员工的合法权益。
法律责任：员工有权通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的权益，要求公司的股东、实际控制人或清算主体承担相应的法律责任。甚至，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东等责任主体，可能因怠于履行清算义务而导致无法清算，进而需要对公司债务承担连带清偿责任。
三、实际操作建议
提前规划：公司在决定注销前，应提前规划清算程序，确保员工的劳动权益得到优先保障。这包括与员工协商解除劳动合同、支付经济补偿金等。
合法合规：公司应严格按照法定程序进行清算，避免引发不必要的法律风险和纠纷。在清算过程中，应确保所有债务得到妥善处理，特别是员工的劳动权益。
咨询专业律师：由于公司注销涉及复杂的法律程序和劳动法律问题，建议公司在注销前咨询专业律师，以确保合法合规地完成市场退出。
举例说明：假设某公司因经营不善决定注销，但仍有部分员工未离职。在这种情况下，公司应首先成立清算组，通知所有债权人（包括员工），并在清算过程中优先清偿员工的工资和经济补偿金。只有在所有债务得到妥善处理后，公司才能申请注销登记。如果公司未经合法清算程序就擅自注销，员工有权通过法律途径维护自己的权益，要求公司的股东或清算主体承担相应的法律责任。
综上所述，公司在有未离职员工的情况下注销并非简单可行之事，而是需要依法履行清算程序，妥善处理员工权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。