结论前置：关于免租期包含在合同期内时，第二年租金上浮的起算时间，需根据合同具体条款来确定，一般有两种常见情形：
若合同明确约定租金上浮自免租期结束次日起算：在此情况下，第二年租金上浮的起算时间就是免租期完的第二天。例如，合同规定免租期为合同签订后的前30天，从第31天开始计算租金，且明确第二年租金在上一年基础上上浮，那么上浮后的租金就应从免租期结束后的第二天，即第31天（若为第一年）对应的第二年的同一天开始适用。这种约定方式清晰明确，双方权利义务容易界定，减少了因起算时间不明而产生的纠纷。
若合同约定租金上浮以合同期为计算基础，未特别指明免租期的影响：此时，第二年租金上浮的起算时间可能是合同期开始后的第二年对应日，而不考虑免租期的存在。比如合同期限为三年，自某年1月1日起至第三年12月31日止，免租期为第一年的前两个月，合同仅规定第二年租金上浮，但未说明与免租期的关系，那么有可能按照合同期整体计算，从第二年1月1日起就适用上浮后的租金（当然，这也要结合合同其他条款及双方交易习惯等综合判断）。不过，这种约定可能因免租期的存在而在实际履行中引发争议，因为从公平角度讲，承租方享受了免租期，出租方可能会主张免租期不应影响租金上浮的起算时间在合同期层面的合理性。
进一步分析：在实际的商业租赁合同中，免租期和租金上浮都是重要的条款。免租期通常是出租方给予承租方的一定期限，在此期间承租方无需支付租金，用于承租方进行装修、筹备开业等活动。而租金上浮则是随着租赁时间的推移，根据市场情况、通货膨胀等因素，对租金进行调整的机制。为了避免日后产生纠纷，双方在签订合同时，应当对租金上浮的起算时间、免租期的具体期限以及两者之间的关系等作出明确、具体的约定。如果合同条款存在歧义或不明确的地方，双方可以协商补充约定；协商不成的，可能需要根据合同的其他相关条款、交易习惯以及法律法规的规定来进行解释和判断。
建议：如果您是合同的其中一方，在签订合同前，务必仔细审查合同中关于免租期和租金上浮的条款，确保自己的权益得到充分保障。若您已经遇到因该问题产生的纠纷，可以收集相关证据，如合同文本、沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。您有任何具体问题，都可以直接向我咨询。