中标通知书只有业主单位公章无采购代理公司公章，其有效性需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同成立与生效的角度：

   • 中标通知书在法律上通常被视为合同成立的要约或承诺，其有效性主要取决于是否满足合同成立的基本要素，即双方意思表示一致。若业主单位作为招标人，其公章代表了公司的真实意思表示，且中标通知书的内容明确、具体，符合合同成立的要求，那么即使没有采购代理公司的公章，该中标通知书在业主单位和中标人之间仍然可能具有法律效力。
   • 然而，如果采购代理公司在招标过程中扮演了重要角色，且其公章的缺失可能导致中标通知书的真实性或合法性受到质疑，那么该中标通知书的有效性可能会受到影响。

2. 招标文件与合同条款的角度：

   • 招标文件通常会明确规定中标通知书的格式、内容以及签章要求。如果招标文件明确要求中标通知书必须加盖采购代理公司的公章，而实际的中标通知书未满足这一要求，那么该中标通知书可能因不符合招标文件的规定而被视为无效。
   • 另一方面，如果合同条款（如中标后签订的施工合同或采购合同）中并未特别强调中标通知书必须加盖采购代理公司的公章，或者合同条款与招标文件的规定不一致，那么中标通知书的有效性可能需要根据合同条款来判断。

3. 实际操作与行业惯例的角度：

   • 在实际操作中，中标通知书的签章要求可能因地区、行业或项目类型的不同而有所差异。有些地区或行业可能更注重业主单位的公章，而认为采购代理公司的公章并非必需；而有些地区或行业则可能对此有更严格的要求。
   • 此外，如果采购代理公司在招标过程中仅作为业主单位的代理人出现，且其代理行为已经得到了业主单位的明确授权，那么即使中标通知书上没有采购代理公司的公章，也可能不会影响其有效性。

法律建议：

• 对于业主单位和中标人而言，如果中标通知书上只有业主单位的公章而无采购代理公司的公章，建议双方先仔细审查招标文件和合同条款，明确中标通知书的签章要求。
• 如果招标文件或合同条款中对此有明确规定，且实际的中标通知书未满足这些规定，那么双方应协商解决或按照相关规定进行处理。
• 如果招标文件或合同条款中对此没有明确规定，或者双方对此存在争议，那么建议咨询专业律师或相关机构以获取更准确的法律意见。

可能的法律后果：

• 如果中标通知书因缺少采购代理公司的公章而被视为无效，那么业主单位和中标人可能需要重新进行招标或谈判，以达成新的合同关系。
• 此外，如果因此导致合同无法履行或产生其他纠纷，双方可能需要根据相关法律法规承担相应的法律责任。

综上所述，中标通知书只有业主单位公章无采购代理公司公章的有效性需根据具体情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。