建设工程施工中，实际施工人知道挂靠关系时，工程款是否由被挂靠单位承担责任，需根据具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、被挂靠单位可能承担责任的情形
合同约定或表见代理：
- 若被挂靠单位与挂靠人（实际施工人）之间的协议明确约定了被挂靠单位负有支付工程款的义务，或者挂靠人在对外从事与工程相关的经营活动时，存在使善意第三人（如材料供应商、分包商等）相信其有代理权的表象（如持有被挂靠单位的公章、介绍信等），并以被挂靠单位的名义签订合同，则被挂靠单位可能因表见代理或合同约定而需承担支付工程款的责任。
参与项目管理或受益：
- 当被挂靠单位深度参与工程项目的管理，如工程进度控制、质量监督、材料采购等环节，或者从该工程中获得了利益（如管理费、利润分成等），实际施工人有理由认为被挂靠单位是工程的责任主体之一。在这种情况下，法院可能基于公平原则和实际情况，判定被挂靠单位承担支付工程款的责任。
法律明确规定：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关司法解释，虽然主要针对转包和违法分包，但部分法院也会参照此精神，在挂靠情形下要求被挂靠单位在一定范围内承担责任。特别是当发包人欠付工程款时，被挂靠单位可能在欠付范围内对实际施工人承担责任。
二、被挂靠单位无需承担责任的情形
无过错且未获益：
- 若被挂靠单位能够证明其对挂靠行为不知情，未参与工程的任何实际管理，也未从该项目中获取任何利益，并且实际施工人也明知其与被挂靠单位不存在直接合同关系及支付义务约定的，被挂靠单位有可能不承担支付工程款责任。但这种情况在实践中较为少见，且需要充分的证据支持。
相对人明知挂靠关系：
- 如果实际施工人（挂靠人）在对外交易时明确表明了其挂靠身份，且相对人（如材料供应商、分包商等）明知这一关系，那么相对人应当知道与其履行合同的真实交易人是挂靠人，而非被挂靠单位。在这种情况下，可认定双方之间直接存在合同关系，由挂靠人对其直接承担合同责任，被挂靠单位原则上不应承担责任。但需注意，如果交易与项目部职能有关，且被挂靠单位因其允许挂靠人以其名义对外实施民事行为而具有一定过错，则可能承担补充责任。
三、法律建议
审查合同条款：
- 实际施工人在与被挂靠单位或挂靠人签订合同时，应仔细审查合同条款，明确各方权利义务，特别是关于工程款支付的责任主体和方式。
保留证据：
- 实际施工人应保留与工程款支付相关的所有证据，包括合同、发票、付款凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
及时维权：
- 如果实际施工人认为被挂靠单位或挂靠人未按照约定支付工程款，应及时通过法律途径维权，避免超过诉讼时效或丧失其他维权机会。
在实际操作中，应结合案件的具体证据和法律适用情况来确定被挂靠单位的责任。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。