您好，关于合同是否可以约定由别的公司开发票的问题，这涉及到发票开具的合规性和税法规定。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国发票管理办法》及其相关实施细则，发票的开具必须遵循一定的原则和规范。其中，关键的一点是发票的开具应当与实际经营业务情况相符，即收款方应当按照实际提供的商品或服务内容如实开具发票。

现在，针对您提出的问题，如果合同中约定由非实际收款方（即别的公司）来开发票，这通常是不符合税法规定的。因为这样的安排可能导致发票内容与实际经营业务情况不符，从而构成虚开发票的行为。虚开发票是违法的，不仅可能导致发票无效，无法作为财务报销凭证，还可能引发税务风险和法律责任。

具体来说，如果您的公司与A企业签订销售合同并提供服务，但款项由B企业支付，那么按照税法规定，您公司应当直接向A企业（即实际接受服务的一方）开具发票，而不是向B企业开具。当然，如果B企业是作为A企业的代理或委托方来支付款项，并且有相关的合法证明文件（如委托付款协议等），那么在某些特定情况下，可能经过税务部门的认可后，可以按照特定方式处理发票开具问题。但这种情况非常特殊，且需要严格的合规审查和税务部门的批准。

因此，我建议您在签订合同时，务必明确发票的开具方和收款方应当一致，以确保合规性和避免潜在的税务风险。如果确实存在特殊情况需要由别的公司开发票，那么应当事先咨询税务部门或专业律师的意见，并确保所有操作都符合税法规定和相关政策要求。