合作社签订了流转土地合同但没有营业执照，其经营行为一般是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

营业执照的必要性

1. 法律要求：根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规，从事经营活动的市场主体，包括合作社，应当依法办理营业执照。营业执照是市场主体合法经营的凭证，没有营业执照，即视为无照经营。

2. 合同效力：虽然合作社签订了流转土地合同，但如果其没有营业执照，该合同可能因主体不适格而面临效力瑕疵。在法律上，无照经营的主体签订的合同，可能因违反法律强制性规定而被认定为无效或可撤销。

无照经营的法律后果

1. 行政处罚：根据《无证无照经营查处办法》等相关规定，无照经营的行为可能面临没收违法所得、罚款等行政处罚。对于合作社而言，如果其未办理营业执照而从事土地流转等经营活动，可能面临相应的行政处罚。

2. 民事责任：如果因无照经营导致合同无效或可撤销，合作社可能需要承担返还财产、赔偿损失等民事责任。例如，如果合作社因无照经营而无法履行流转土地合同，导致对方遭受损失，合作社可能需要承担相应的赔偿责任。

合法经营的途径

1. 办理营业执照：合作社应当依法办理营业执照，确保自身具备合法经营资格。在办理营业执照时，合作社需要提供相关材料，如章程、成员名单、经营场所证明等，并按照规定的程序进行申请和审批。

2. 完善合同手续：在签订流转土地合同时，合作社应当确保合同内容合法、条款明确，并遵循相关法律法规的规定。例如，合同应当明确流转土地的面积、位置、用途、流转期限、流转费用等关键条款，并确保双方签字盖章确认。

特殊情况说明

如果合作社虽然未办理营业执照，但已经按照相关规定进行了备案或登记，且其经营活动符合法律法规的要求，那么其签订的流转土地合同可能仍然有效。但这种情况较为特殊，且需要具体分析相关法律法规和政策规定。不过，从合规和风险防范的角度出发，合作社还是应当依法办理营业执照。

建议：合作社在从事土地流转等经营活动时，务必确保自身具备合法经营资格，并依法办理营业执照。如果合作社已经签订了流转土地合同但尚未办理营业执照，应当尽快补办相关手续，以避免可能的法律风险和损失。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。