主管税务机关可以依据《征管法》第六十四条第二款进行处罚，但仅限于特定情形。以下是对此问题的详细分析：

一. 《征管法》第六十四条第二款的具体规定

根据《征管法》第六十四条第二款的规定：“纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。”这一条款明确了税务机关在特定情况下对纳税人的处罚权。

二. 适用对象的分析

1. 未办理税务登记的纳税人

   • 根据国家税务总局办公厅对最高人民检察院作出的《国家税务总局办公厅关于税收征管法有关条款的复函》（国税办函〔2007〕647号），征管法第六十四条第二款适用于六十三条规定之外的未办理税务登记的纳税人在发生纳税义务以后不进行纳税申报，从而造成不缴或少缴税款结果的情形。这意味着，对于未办理税务登记的纳税人，如果其不进行纳税申报并导致不缴或少缴税款，税务机关可以依据第六十四条第二款进行处罚。

2. 已办理税务登记的纳税人

   • 对于已办理税务登记的纳税人，如果其不进行纳税申报并导致不缴或少缴税款，通常应依据《征管法》第六十三条的规定处理，该条款被视为偷税行为。然而，如果税务机关能够证明纳税人确实未进行纳税申报，并且这种未申报行为导致了不缴或少缴税款的结果，那么理论上也可以依据第六十四条第二款进行处罚。但在实践中，这种情况较为少见，因为税务机关通常会优先适用第六十三条处理偷税行为。

三. 执法风险与注意事项

1. 避免“以罚代刑”

   • 税务机关在适用第六十四条第二款时，应避免将应定性为偷税（逃税罪）的行为仅作为一般违法行为处理，从而规避移送司法机关追究刑事责任的问题。这种做法可能构成“以罚代刑”，不仅损害了法律的严肃性，也可能引发检察机关的质疑和纳税人的行政复议或行政诉讼。

2. 注意追征期的限制

   • 根据《国家税务总局关于未申报税款追缴期限问题的批复》（国税函〔2009〕326号），对于征管法第六十四条第二款规定的情形，其追征期一般为三年，特殊情况可以延长至五年。这与偷税、抗税、骗税等行为的无限期追征不同，税务机关在适用该条款时需要注意追征期的限制。

四. 结论与建议

• 结论：主管税务机关可以依据《征管法》第六十四条第二款对未办理税务登记的纳税人在不进行纳税申报并导致不缴或少缴税款的情况下进行处罚。对于已办理税务登记的纳税人，虽然理论上也可以适用该条款，但实践中应优先适用第六十三条处理偷税行为。
• 建议：税务机关在适用第六十四条第二款时，应严格把握适用条件，确保执法的合法性和合理性。同时，纳税人也应依法履行纳税申报义务，避免因未申报而面临税务机关的处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。