二级分支机构能作为偷税主体进行处罚。以下是详细分析：

一. 二级分支机构的法律地位

1. 不具有法人资格：根据《公司法》第十四条的规定，分公司（包括二级分支机构）不具有法人资格，其民事责任由公司承担。但这并不直接决定其在税务行政处罚中的主体地位。
2. 属于“其他组织”：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》，其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括法人依法设立并领取营业执照的分支机构。因此，二级分支机构属于“其他组织”的范畴。

二. 二级分支机构作为偷税主体的法律依据

1. 《行政处罚法》的规定：根据《行政处罚法》第三条第一款，只要有明确规定，行政机关有权对不具法人资格的“其他组织”进行处罚。由于二级分支机构属于“其他组织”，因此可以受到行政处罚。
2. 相关法规的明确：《国家工商行政管理总局对〈关于企业法人的非独立核算分支机构能否作为行政案件当事人的请示〉的答复》和《国家工商行政管理总局关于认定违法主体有关问题的答复》均明确指出，法人设立的不能独立承担责任的分支机构，可以作为行政处罚案件的当事人。

三. 实际案例的支持

以苏州工业园区娄葑建设发展有限公司水电安装分公司为例，该公司因偷税行为被税务机关处罚，且该处罚决定得到了法院的支持。这一案例进一步证明了二级分支机构可以作为偷税主体进行处罚。

综上所述，二级分支机构能作为偷税主体进行处罚。这是基于其作为“其他组织”的法律地位，以及《行政处罚法》和相关法规的明确规定。同时，实际案例也支持了这一结论。如有进一步需要，您可以继续咨询我。