结论：在项目部签订合同但发票需开给分公司的情形下，合同条款应明确约定发票开具主体、付款主体及与合同履行主体的关系，以确保合同效力及税务合规。具体条款设计如下：

1. 合同主体与发票开具条款

• 明确合同签署主体：合同首部应写明签订方为“XX公司XX项目部”（需附项目部授权文件或总公司盖章确认），并注明项目部系代表总公司或分公司履行合同。
• 发票开具条款：在合同中单独列明“发票开具”条款，例如： > “乙方应按照甲方要求，将本合同项下款项的增值税专用发票开具至【分公司名称】（统一社会信用代码：XXX），发票内容应与合同标的一致。甲方指定收款账户为【分公司账户信息】。”
• 法律依据：根据《民法典》第四百九十条，合同自双方签字盖章时成立，项目部作为临时机构，需通过总公司或分公司授权方能独立签署合同，否则可能因主体不适格导致合同效力瑕疵。

2. 付款与履行主体分离的处理

• 付款主体约定：若分公司实际付款，需在合同中明确付款义务主体，例如： > “本合同项下款项由【分公司名称】代为支付，但不影响甲方（项目部所属总公司/分公司）作为合同相对方的权利义务。”
• 税务合规性：根据《增值税暂行条例》第二十一条，纳税人销售货物或应税劳务，应向索取增值税专用发票的购买方开具发票。若项目部系代理分公司签订合同，需确保分公司为实际购买方，否则可能涉及虚开发票风险。

3. 风险防范条款

• 授权文件附件：合同附件中应附项目部签署合同的授权书，明确授权范围（如签订合同、接收发票等），避免因越权代理导致合同无效。
• 违约责任：约定因发票开具错误或付款主体争议导致的损失承担方式，例如： > “若乙方未按约定开具发票或发票信息错误，导致甲方或指定方无法抵扣税款或遭受税务处罚的，乙方应承担全部赔偿责任。”

4. 实务操作建议

• 总公司/分公司盖章：若项目部无独立法人资格，建议由总公司或分公司直接在合同上盖章，避免项目部签字引发的主体争议。
• 三流一致原则：确保合同流、资金流、发票流“三流一致”，即合同签订方、收款方、发票开具方均为同一主体或明确授权关系，以符合税务稽查要求。

示例条款：

“甲方（XX公司XX项目部，系XX公司授权签署本合同）与乙方就XX项目达成协议，乙方应向【XX公司分公司】（统一社会信用代码：XXX）开具合法有效的增值税专用发票，发票内容应与合同标的一致。款项由【XX公司分公司】支付至乙方指定账户，但不影响甲方作为合同相对方的权利义务。”

如有具体合同文本或场景细节，可进一步提供，我将协助完善条款设计。