只有房产证而没有档案，这种情况的合法性不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 房产证真实有效且档案因特殊原因缺失：

   • 在某些情况下，房产证可能是真实有效的，但由于历史原因、档案管理疏漏或系统升级等，导致相关档案暂时缺失。这种情况下，房产证本身的法律效力并不受影响，但档案的缺失可能会给后续的房产交易、继承或纠纷解决带来一定的困难。
   • 建议：如果发现房产证没有对应档案，建议尽快向当地房地产管理部门或档案馆查询，了解档案缺失的具体原因，并尝试补全档案。

2. 房产证本身存在问题：

   • 如果房产证是通过非法手段获得的，比如伪造、变造或利用虚假材料申请等，那么即使有房产证，也是不合法的。这种情况下，档案的缺失可能只是问题的一部分，房产证本身就可能被撤销或宣告无效。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，伪造、变造房产证等行为是违法的，可能会面临行政处罚甚至刑事责任。
   • 建议：如果怀疑房产证存在问题，应立即向当地房地产管理部门或公安机关报案，并寻求法律帮助。

3. 档案因管理或系统问题暂时无法查询：

   • 有时候，由于档案管理系统的升级、迁移或故障等原因，可能导致暂时无法查询到相关档案。这种情况下，房产证仍然是合法的，但档案的查询可能需要等待系统恢复或采取其他查询方式。
   • 建议：如果遇到这种情况，可以向房地产管理部门或档案馆咨询，了解系统恢复的时间或采取其他查询方式，如纸质档案查询等。

额外提醒：

• 房产证是房屋所有权的法律凭证，而档案则是记录房屋历史、权属变更等重要信息的文件。两者都是房屋交易、继承或纠纷解决中不可或缺的部分。
• 如果发现房产证与档案不符或档案缺失，应及时采取措施，避免给后续的房产交易或纠纷解决带来不必要的麻烦。

后续行动建议：

• 如果您遇到了只有房产证而没有档案的情况，建议首先确认房产证的真实性和有效性。
• 然后，尽快向当地房地产管理部门或档案馆查询档案缺失的原因，并尝试补全档案。
• 如果在查询或补全档案过程中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。