员工自离时，公司不能拒绝支付工资。这是基于《中华人民共和国劳动法》及相关法规的明确规定，也是保护劳动者合法权益的重要体现。以下从不同角度为您详细分析：
工资支付义务
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这意味着，只要员工为公司提供了劳动，公司就有义务按照约定和法律规定支付工资，无论员工是正常离职还是自离。工资是员工付出劳动后应得的报酬，与离职方式无关。
自离与工资支付的关系
员工自离，即未按法定程序提前通知用人单位而擅自离职，虽然这种行为可能违反了劳动合同的约定或用人单位的规章制度，但这并不能成为用人单位不支付工资的理由。工资支付是用人单位的法定义务，只要员工提供了劳动，用人单位就应当支付工资。
经济损失与工资扣除
如果员工自离给用人单位造成了实际经济损失，如岗位空缺导致业务受影响、需紧急招聘人员产生额外费用等，用人单位可以依法追究其责任，要求赔偿损失。然而，这并不能成为用人单位拒绝支付工资的理由。在要求员工赔偿损失的同时，用人单位仍应支付员工应得的工资。若需从工资中扣除赔偿费用，根据相关规定，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
员工权益保护
如果用人单位以员工自离为由拒绝支付工资，员工可以通过多种途径来维护自己的权益：
实际案例与法律后果
在实际操作中，已经有多起因员工自离而公司拒绝支付工资，最终公司被判支付工资并可能承担额外赔偿的案例。这些案例表明，公司拒绝支付自离员工工资的行为是违法的，可能面临法律制裁和声誉损失。
建议：作为员工，在离职时应尽量按照法定程序提前通知用人单位，以避免不必要的纠纷。作为用人单位，也应依法支付员工工资，即使员工自离也不例外。如果员工自离给公司造成了损失，公司可以通过合法途径追究其责任，但不能以此为由拒绝支付工资。
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