结论：在“以备案之名行许可之实”的情况下，企业的损失责任归属需根据具体情况判断，可能涉及行政机关、企业自身或其他相关方。

一、行政机关责任

1. 违法行政行为：

   • 若行政机关以备案为名，实际上行使了许可的权力，且该行为缺乏法律依据或违反了法定程序，那么这种行为可能构成违法行政。
   • 在此情况下，如果企业的损失是由于行政机关的违法行政行为直接导致的，企业有权要求行政机关承担相应的赔偿责任。这通常包括因违法行政行为导致的直接经济损失，如停产停业损失、设备闲置损失等。

2. 信赖保护原则：

   • 根据信赖保护原则，如果企业基于对行政机关备案行为的合理信赖而进行了投资或经营决策，并因此遭受了损失，行政机关在某种程度上也应承担相应的责任。
   • 但需要注意的是，信赖保护原则的适用需要满足一定的条件，如企业的信赖必须是合理的、善意的，且行政机关的行为必须具有明确的法律效果。

二、企业自身责任

1. 尽职调查不足：

   • 企业在参与相关活动前，应进行充分的尽职调查，以了解备案与许可之间的区别以及可能涉及的法律风险。
   • 如果企业因尽职调查不足而未能识别出行政机关的违法行政行为，并因此遭受了损失，那么企业自身也应承担一定的责任。

2. 合规管理缺失：

   • 企业应建立完善的合规管理体系，确保自身的经营活动符合法律法规的要求。
   • 如果企业因合规管理缺失而违反了相关法律法规，并因此遭受了损失，那么这种损失应由企业自身承担。

三、其他相关方责任

1. 第三方行为：

   • 如果企业的损失是由于第三方的行为（如合作伙伴的违约行为、竞争对手的不正当竞争行为等）导致的，且该行为与行政机关的备案行为无直接关联，那么损失应由第三方承担。

2. 不可抗力：

   • 在某些情况下，企业的损失可能是由于不可抗力因素（如自然灾害、政策调整等）导致的。在这种情况下，损失的责任归属需要根据具体情况进行判断，可能涉及多方共同承担。

四、法律建议

1. 收集证据：

   • 企业应尽快收集与损失相关的所有证据，包括合同、发票、交易记录、行政机关的文件等，以便在后续的法律程序中证明自己的损失和责任归属。

2. 咨询专业律师：

   • 在处理此类复杂法律问题时，企业应咨询专业律师的意见。作为专业律师，我可以根据企业的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助企业制定合适的维权策略。

3. 考虑多种维权途径：

   • 根据损失的性质和责任归属，企业可以考虑通过行政复议、行政诉讼、民事诉讼等多种途径来维护自己的合法权益。

在处理“以备案之名行许可之实”导致的企业损失问题时，需要综合考虑多种因素，并根据具体情况判断责任归属。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。