针对您提出的“公司办理的证件，离职时要求考证的钱扣除，是否合理”的问题，这主要涉及到劳动合同法中关于培训费用和服务期的相关规定。

首先，我们需要明确的是，根据《劳动合同法》第二十二条的规定，如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，那么用人单位可以与劳动者订立协议，约定服务期。这意味着，如果劳动者在服务期内离职，并且没有按照约定履行服务期，那么劳动者可能需要按照约定向用人单位支付违约金。但这里有一个关键点，即违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

现在，我们回到您的问题上。如果公司为您办理的证件是通过专项培训获得的，并且公司为此支付了培训费用，同时您与公司之间有关于服务期的约定，那么在您离职时，如果未履行完服务期，公司要求您承担部分或全部培训费用（即考证的钱）作为违约金，这在法律上是可能被允许的，但具体数额需要符合上述法律规定的限制。

然而，如果公司没有与您签订关于服务期的协议，或者虽然签订了协议但约定的违约金数额超过了法律规定的限制，那么公司要求您扣除考证的钱作为违约金就是不合法的。

此外，还需要注意的是，即使公司有权要求您支付违约金，这也并不意味着公司可以随意扣发您的工资。根据法律规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付的，应承担相应责任。

因此，针对您的问题，我的建议是：首先查看您与公司签订的劳动合同以及任何与服务期或培训费用相关的协议；其次，如果公司要求您扣除考证的钱作为违约金，您可以要求公司出示相关法律依据和计算方式；最后，如果您认为公司的要求不合理或违法，您可以向当地劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁或寻求法律援助。