招标文件约定的税率不符合规定时，可以在合同中再约定，但需遵循相关法律法规，并确保合同条款的合法性与有效性。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律背景与原则
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括税率等条款。因此，如果招标文件中的税率约定不符合规定，双方可以在合同中重新约定符合法律规定的税率。
税收法定原则：税率作为税收要素之一，其设定和调整需遵循税收法定原则，即税率的设定和调整必须由法律明确规定。因此，合同中约定的税率不得违反税收法律法规的强制性规定。
二、合同中再约定税率的合法性分析
符合法律规定的再约定：如果招标文件中的税率约定确实不符合税收法律法规的规定，双方可以在合同中重新约定符合法律规定的税率。这种再约定是合法的，且有助于确保合同的合法性和有效性。
违反法律规定的再约定无效：如果合同中约定的税率仍然违反税收法律法规的强制性规定，那么这种再约定将是无效的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
三、实际操作建议
审查税收法律法规：在合同中再约定税率前，双方应仔细审查相关的税收法律法规，确保约定的税率符合法律规定。
明确合同条款：在合同中明确约定税率条款，包括税率的计算方式、支付时间等，以避免后续产生争议。
咨询专业律师：由于税收法律法规的复杂性和专业性，建议在合同中再约定税率前咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
四、可能的法律后果
合同无效风险：如果合同中约定的税率违反税收法律法规的强制性规定，那么整个合同或相关条款可能面临被认定为无效的风险。
税务处罚风险：如果合同中约定的税率不符合规定，且实际执行了该税率，那么双方可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金和罚款等。
总结与建议：招标文件约定的税率不符合规定时，可以在合同中再约定，但必须确保约定的税率符合税收法律法规的强制性规定。在实际操作中，建议双方仔细审查税收法律法规，明确合同条款，并在必要时咨询专业律师。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。