关于自来水公司与用户签订保底用水量协议是否合理的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要结合具体的政策背景、地区差异以及用户实际使用情况来综合考量。

首先，从政策层面来看，不同地区对于自来水收费的规定可能存在差异。一些地区可能根据当地的水资源状况、供水成本以及用户用水习惯等因素，制定了包含保底用水量的收费政策。这种政策设计的初衷可能是为了保障供水企业的基本运营成本，确保供水管网的维修养护和正常运转，从而维护整个供水系统的稳定性和安全性。例如，在您提供的参考信息中，湖北省人民政府令及相关文件就规定了农村供水中的保底吨数，这是为了保障农村供水的可持续性和安全性。

然而，从用户角度来看，保底用水量协议可能引发一些争议。特别是对于那些长年不在家或用水量极少的用户来说，他们可能会认为这种收费方式不公平。因为即使他们没有使用到保底的水量，也需要支付相应的费用。这在一定程度上增加了他们的经济负担，也降低了他们对供水服务的满意度。

在实际操作中，一些地区已经意识到了这个问题，并采取了相应的措施进行调整。例如，在凤阳县的案例中，当地纪委监委在接到群众反映后，迅速调查并督促相关部门调整了水价计价规则，取消了“保底”水费，实行了更加公平合理的“单一制”水价。这一举措得到了群众的广泛认可和好评。

因此，我认为自来水公司与用户签订保底用水量协议是否合理，并没有一个绝对的答案。它取决于具体的政策背景、地区差异以及用户实际使用情况。如果政策设计合理且能够充分考虑到用户的利益和需求，那么这种协议可能是合理的；但如果政策存在不合理之处或未能充分考虑到用户的实际情况，那么就需要进行相应的调整和优化。

最后，我建议用户在遇到类似问题时，可以积极向当地供水企业或相关部门反映自己的意见和诉求，争取更加公平合理的收费政策。同时，也可以关注当地政府的政策动态和公告信息，及时了解并适应政策的变化。