抵押合同因未经公司股东会决议而无效，但已经办理了抵押权登记的，抵押权是否有效需分情况讨论：
一、抵押合同无效，但抵押权可能有效（需满足特定条件）
法律依据：
- 根据《公司法》第十六条，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，需依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议。若未经决议，抵押合同可能因违反法律强制性规定而无效。
- 但根据《民法典》及相关司法解释，抵押权的设立与抵押合同的效力是分离的。即，抵押合同无效，并不必然导致抵押权无效。若抵押权已依法登记，且债权人无过错（如不知且不应知抵押合同无效），则抵押权可能仍然有效。
具体情形：
- 债权人善意：若债权人在签订抵押合同时，已对抵押人的授权、公司章程等进行了合理审查，且无证据表明其知道或应当知道抵押合同未经股东会决议，则债权人可能被认定为善意。在此情况下，即使抵押合同无效，抵押权也可能因债权人的善意而得到有效保护。
- 抵押权已登记：抵押权的设立需经依法登记。若抵押权已办理登记，且登记程序合法，则抵押权在物权层面已设立。此时，即使抵押合同无效，抵押权也可能因登记而保持有效。
二、抵押合同无效，且抵押权无效（常见情形）
法律依据：
- 若抵押合同因未经股东会决议而无效，且债权人在签订合同时未尽合理审查义务（如未审查公司章程、未要求提供股东会决议等），则债权人可能被认定为非善意。在此情况下，抵押权可能因抵押合同的无效而无效。
具体情形：
- 债权人非善意：若债权人在签订抵押合同时，未对抵押人的授权、公司章程等进行合理审查，或有证据表明其知道或应当知道抵押合同未经股东会决议，则债权人可能被认定为非善意。此时，抵押权可能因债权人的非善意而无效。
- 抵押权未登记：若抵押权未办理登记，则抵押权在物权层面未设立。此时，无论抵押合同是否有效，抵押权均无效。
三、法律建议与风险提示
对于债权人：
- 在签订抵押合同时，务必对抵押人的授权、公司章程等进行合理审查，并要求提供股东会决议等文件。
- 若发现抵押合同可能因未经股东会决议而无效，应及时与抵押人沟通，要求补正决议或采取其他补救措施。
- 若抵押权已登记，但抵押合同可能无效，应咨询专业律师，评估抵押权的有效性及可能面临的法律风险。
对于抵押人（公司）：
- 在对外提供抵押担保时，应严格遵守公司章程及《公司法》的规定，确保抵押行为已获得股东会或董事会的决议。
- 若发现已签订的抵押合同可能因未经股东会决议而无效，应及时与债权人沟通，协商解决方案，避免法律纠纷的发生。
总结来看，抵押合同因未经公司股东会决议而无效时，抵押权是否有效需根据债权人的善意程度、抵押权是否已登记等因素进行综合判断。在实际操作中，建议各方严格遵守相关法律法规及公司章程的规定，确保抵押行为的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。