结论前置：
详细分析：
在债务债权领域，特别是民间借贷中，借款合同的约定对于双方的权利义务具有至关重要的影响。针对您提出的“约定从工程款中扣除借款能否直接起诉偿还借款”的问题，我们需要从以下几个方面进行详细分析：
一、借款合同的约定
首先，我们需要审查借款合同中是否明确约定了从工程款中扣除借款作为还款方式。这一约定应当具体、明确，包括扣除的金额、时间、方式等关键要素。如果合同中有这样的明确约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该约定就是合法有效的。
二、债务人的履行情况
其次，我们需要关注债务人是否按照借款合同的约定履行了还款义务。如果债务人未按约定从工程款中扣除借款进行还款，或者虽然扣除了但未足额还款，那么债权人就有权要求债务人继续履行还款义务，或者通过法律途径追究债务人的违约责任。
三、直接起诉的可行性
约定明确且合法有效：如果借款合同中明确约定了从工程款中扣除借款作为还款方式，并且该约定合法有效，那么当债务人未按约定履行时，债权人可以直接向法院起诉，要求债务人偿还借款。在这种情况下，法院会根据借款合同的约定以及相关法律法规的规定，对案件进行审理并作出判决。
约定不明确或存在争议：如果借款合同中未明确约定从工程款中扣除的具体方式或条件，或者约定存在模糊、不明确之处，那么债权人可能需要先通过其他途径（如协商、催告等）尝试解决。如果经过这些努力后仍无法解决争议，债权人再考虑向法院起诉。在这种情况下，法院可能会要求双方提供更多的证据来证明各自的主张，并根据相关法律法规的规定以及公平、公正的原则对案件进行审理。
四、法律建议
审查借款合同：在起诉前，债权人应当仔细审查借款合同中的相关条款，确保自己的主张有合同依据。
收集证据：债权人应当收集与借款合同履行相关的证据，如工程款支付记录、借款扣除记录等，以证明债务人未按约定履行还款义务。
咨询专业律师：虽然我作为车欣哲律师已经给出了上述分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在起诉前或诉讼过程中，债权人仍然有必要咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到最大程度的保护。
最后，如果您在债务债权方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。