当您遇到基本农田被侵占的情况时，可以按照以下步骤来处理，以维护您的合法权益：

一、初步应对与证据收集

1. 收集证据：首先，您需要收集与基本农田相关的所有证据，包括但不限于土地承包合同、土地权属证书、现场照片、视频资料以及可能的证人证言。这些证据将在后续的协商、仲裁或诉讼中起到关键作用。

2. 与侵占方沟通：尝试与侵占方进行直接沟通，明确表达您的立场和要求，即停止侵权行为并返还基本农田。在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的冲突。

二、寻求调解与仲裁

1. 请求调解：如果与侵占方的直接沟通没有结果，您可以向村民委员会、乡（镇）人民政府等基层组织请求调解。调解过程中，应遵循自愿、合法的原则，努力达成调解协议。

2. 申请仲裁：若调解无果，您可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交仲裁申请书及相关证据。仲裁机构将依法审理并作出裁决，您需要遵守并执行裁决结果。

三、法律途径维权

1. 提起诉讼：如果仲裁结果不满意或未选择仲裁途径，您可以直接向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要准备好起诉状和证明耕地归属及被侵占的证据，请求法院判决对方停止侵害、返还耕地、赔偿损失等。

2. 追究行政责任：若侵占行为违反了土地管理法规，您还可以向县级以上人民政府土地行政主管部门举报，要求追究侵占方的行政责任。相关部门将依法进行调查处理，并可能对侵占方进行行政处罚。

四、特殊情况处理

1. 构成犯罪的处理：如果侵占行为非法占用耕地改作他用，且数量较大、造成耕地大量毁坏，可能构成非法占用农用地罪。在这种情况下，侵占方将面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑事处罚。您应及时向公安机关报案，并配合相关部门的调查工作。

2. 行政监管后续影响：即使侵占行为未达到刑事立案标准，侵占方仍可能面临行政罚款等处罚。同时，在民事赔偿中，如果对赔偿金额、责任范围等存在争议，您可以通过法律途径进一步解决，如申请法院强制执行等。

五、注意事项

• 及时维权：在发现基本农田被侵占后，应尽快采取行动，避免因拖延而错过最佳维权时机。
• 遵循法定程序：在整个维权过程中，应严格遵守法律法规和法定程序，确保自己的行为合法有效。
• 保持冷静与理性：面对侵占行为时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的冲突和过激行为，以免给自己带来不必要的麻烦。

希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，建议及时咨询专业律师或相关部门的意见。