结论前置：在原告未举证证明被告是适格被告的情况下，法院通常会根据不同阶段和情形作出驳回起诉、不予受理或要求原告补充证据等处理。以下是具体分析：

1. 立案阶段
   根据《民事诉讼法》第122条，起诉需满足“有明确的被告”这一条件。若原告在起诉时未提供基本证据（如被告身份信息、与案件的关联性证明），法院可能以“被告不明确”为由不予受理。此时，原告需补充被告适格的证据（如合同相对方信息、侵权行为关联性证明等）后重新起诉。

2. 审理阶段
   若案件已进入实体审理，但原告仍未完成对被告适格性的举证（如未证明被告是合同签订方、侵权行为实施者等），法院可能依据《民事诉讼法》第67条及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，以“原告未完成举证责任”为由，判决驳回原告的诉讼请求。此时，原告若想继续主张权利，需在上诉期内提出上诉，并在二审中补充证据。

3. 特殊情形处理

   • 被告自认适格：若被告在答辩或庭审中明确承认自己是适格主体，法院可免除原告的举证责任，直接进入实体审理。
     
   • 法院依职权调查：在涉及国家利益、社会公共利益等特殊案件中，法院可依职权调查被告主体资格，但此类情形极为罕见。
     
   • 追加或变更被告：若原告起诉的被告主体错误（如误诉分公司为被告，实际应为总公司），法院可依据《民事诉讼法》第135条，告知原告变更或追加被告；原告拒绝的，可能面临驳回起诉的后果。

实务建议：
原告在起诉前应充分收集被告主体资格的证据（如工商登记信息、身份证明、关联交易记录等），避免因主体不适格导致诉讼程序受阻。若已进入诉讼程序，可及时申请法院出具调查令，或通过律师调查取证完善证据链。如有具体案件，可进一步向我提供细节，我将结合案情分析证据补充方向。