签订股转协议并生效后，采用分期付款的方式是合法的。以下从法律角度、实践操作及风险防范三个方面进行详细分析：
一、法律角度
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括付款方式、付款期限等。
- 因此，在股转协议中约定分期付款，是合同双方意思自治的体现，符合法律规定。
分期付款的合法性：
- 分期付款作为一种支付方式，在法律上并无禁止性规定。只要双方当事人在协议中明确约定了分期付款的具体条款，如付款期限、付款金额、违约责任等，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是合法有效的。
二、实践操作
协议条款的明确性：
- 在签订股转协议时，双方应明确约定分期付款的具体条款，包括但不限于每期付款的金额、付款时间、付款方式等。
- 同时，还应约定因一方违约导致协议无法继续履行时的违约责任和争议解决方式，以保障双方的合法权益。
过户与付款的协调：
- 在实际操作中，双方可以约定在支付一定比例的首付款后，办理股权过户手续。过户完成后，再按照协议约定的期限和金额支付剩余款项。
- 这种安排既保障了卖方的权益，也给了买方一定的资金筹措时间，有利于交易的顺利进行。
三、风险防范
卖方风险：
- 对于卖方而言，采用分期付款方式可能面临买方违约的风险。因此，在协议中应明确约定买方的违约责任，如逾期付款的违约金、解除合同的条件等。
- 同时，卖方还可以考虑要求买方提供担保或采取其他保障措施，以降低违约风险。
买方风险：
- 对于买方而言，采用分期付款方式可能面临卖方不履行过户义务的风险。因此，在协议中应明确约定卖方的过户义务和违约责任。
- 买方还可以在支付首付款前对卖方的股权进行尽职调查，确保股权的合法性和有效性。
法律风险：
- 双方在签订股转协议时，应确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。否则，可能导致协议无效或部分无效，给双方带来不必要的法律风险。
- 因此，在签订协议前，建议双方咨询专业律师的意见，确保协议的合法性和有效性。
总结与建议：
- 签订股转协议并生效后，采用分期付款的方式是合法的。但双方在签订协议时，应明确约定分期付款的具体条款和违约责任，以保障双方的合法权益。
- 同时，双方还应关注可能面临的法律风险，并采取相应的风险防范措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。