核心结论：合同与实际数量不符时，发票开具的数量应遵循以下原则，具体分情况说明：

1. 以实际履行数量为准
   根据《民法典》第五百四十三条及《发票管理办法》第十九条，若合同数量与实际履行数量不一致，且双方已按实际数量完成交付或接受，发票应按实际履行数量开具。例如：合同约定购买100吨钢材，实际交付95吨且双方确认，发票应开具95吨。
   法律依据：

   • 《民法典》第五百四十三条：当事人协商一致，可以变更合同。
     
   • 《发票管理办法》第十九条：销售商品、提供服务……的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票，开具内容应与实际经营业务情况一致。

2. 合同未变更但实际履行数量有合理依据
   若合同未书面变更，但实际履行数量因客观原因（如生产误差、运输损耗）与合同约定存在微小差异，且双方无异议，发票可按实际数量开具。但需注意保留沟通记录（如邮件、聊天记录）证明双方认可实际数量。
   风险提示：若差异过大（如超过合同数量的10%），可能被认定为未完全履行合同，需补充协议或承担违约责任。

3. 合同明确约定“以实际数量为准”
   若合同中已约定“数量以实际交付为准”或类似条款，则发票直接按实际数量开具，无需额外协商。此类条款常见于长期供货合同或按需采购合同。

4. 争议情形下的处理
   若双方对实际数量存在争议（如卖方主张交付100吨，买方仅认可收到90吨），需先通过证据（如过磅单、签收单）固定实际数量，再开具发票。若无法达成一致，建议暂停开票并通过诉讼或仲裁解决争议。

操作建议：

• 立即核对合同条款、交付凭证（如送货单、验收单）及沟通记录，明确实际履行数量。
  
• 若需变更合同，建议签订补充协议明确数量及价款，避免后续纠纷。
  
• 发票开具后，务必在财务系统中同步记录实际数量与合同数量的差异，确保税务合规。
  

如有进一步疑问（如具体证据固定、违约责任承担），可直接向我咨询。