医疗期结束员工请病假，公司以不能胜任工作辞退是否合法，需分情况讨论：
一、医疗期结束但员工仍需病假治疗的情况
医疗期定义与保护：
- 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息，而用人单位不得解除劳动合同的时限。其长短根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限来确定。
- 在医疗期内，用人单位不得依据《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同，这包括员工不能胜任工作的情况。
医疗期结束后的处理：
- 医疗期结束后，如果员工仍需病假治疗，且无法从事原工作，用人单位应考虑调整其工作岗位。
- 若调整岗位后，员工仍不能胜任工作，用人单位需提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，方可解除劳动合同。但此处的“不能胜任工作”应是在医疗期结束后，因员工健康状况导致无法从事原工作或调整后的工作，而非医疗期内的情况。
直接以不能胜任工作辞退的合法性：
- 如果医疗期刚结束，员工仍在请病假，且未经过岗位调整或培训等程序，用人单位直接以不能胜任工作为由辞退员工，这通常是不合法的。因为此时员工可能仍处于需要休息和治疗的阶段，无法立即投入工作。
二、医疗期结束且员工健康状况允许工作，但确实不能胜任原工作的情况
不能胜任工作的认定：
- 不能胜任工作是指员工在医疗期结束后，因健康状况或其他原因，无法按照劳动合同的约定完成工作任务。
用人单位的义务：
- 在这种情况下，用人单位应先考虑调整员工的工作岗位，或者提供必要的培训，以帮助员工适应工作。
合法辞退的条件：
- 如果经过调整岗位或培训后，员工仍不能胜任工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但这种情况下的辞退是合法的，且需满足一定的程序要求。
三、违法辞退的法律后果
员工权利：
- 如果用人单位在医疗期结束后，未按照法定程序处理，直接以不能胜任工作为由辞退员工，员工有权要求用人单位继续履行劳动合同，或者要求支付赔偿金。
赔偿金计算：
- 赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
总结与建议：
医疗期结束员工请病假时，公司以不能胜任工作辞退是否合法，取决于员工的具体健康状况、是否经过岗位调整或培训等程序。如果医疗期刚结束员工仍在请病假，且未经过相关程序，公司直接辞退通常是不合法的。如果员工健康状况允许工作但确实不能胜任原工作，且经过调整岗位或培训后仍不能胜任，公司可以按照法定程序解除劳动合同。
面对此类问题，建议您先与公司沟通，了解辞退的具体原因和依据。如果认为公司的辞退行为不合法，可以收集相关证据，如病假证明、劳动合同、工资单等，向我咨询以维护自身权益。