结论前置：公司制度中规定“医疗期结束员工拒绝配合劳动能力鉴定属于严重违纪可辞退”的条款是否合法，需根据具体情况判断。一般情况下，若员工医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，且拒绝配合劳动能力鉴定，用人单位在遵循法定程序后有权解除劳动合同；但若员工能从事工作或用人单位未提供合适岗位，则该条款可能不合法。
一、医疗期内的保护规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，劳动者在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，除非劳动者存在严重过错（如《劳动合同法》第三十九条规定的情形）。这意味着，在医疗期内，即使员工拒绝配合劳动能力鉴定，用人单位也不能直接以此为由辞退员工。
二、医疗期满后的处理
医疗期满后的工作安排：若员工在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，根据《劳动合同法》第四十条的规定，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。此时，若员工拒绝配合劳动能力鉴定，可能被视为不能从事原工作或另行安排工作的证据之一，用人单位有权解除劳动合同。
劳动能力鉴定的意义：劳动能力鉴定是确定员工能否从事原工作或另行安排工作的重要依据。若员工拒绝配合，可能导致用人单位无法准确评估其工作能力，从而影响工作安排和劳动合同的履行。但拒绝配合本身并不直接构成严重违纪，除非公司规章制度中有明确规定，并且该规定不违反法律法规的强制性规定。
三、公司规章制度的合法性审查
规章制度的内容：公司制度中规定“医疗期结束员工拒绝配合劳动能力鉴定属于严重违纪可辞退”的条款，需审查其是否违反法律法规的强制性规定。若该条款过于严苛或不合理，可能被认定为无效。
规章制度的制定程序：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若公司制度未经此程序制定，可能被认定为无效。
四、特殊情况下的合法辞退
尽管一般情况下用人单位不能直接以员工拒绝配合劳动能力鉴定为由辞退，但存在以下特殊情况时，辞退行为可能是合法的：
员工存在严重过错：如员工在医疗期内或医疗期满后存在严重违反用人单位规章制度等《劳动合同法》第三十九条规定的过错情形，用人单位有权合法辞退。
公司规章制度合法有效：若公司制度中明确规定“医疗期结束员工拒绝配合劳动能力鉴定属于严重违纪可辞退”，且该制度经过合法程序制定，不违反法律法规的强制性规定，那么在员工拒绝配合时，用人单位有权依据该制度辞退员工。
五、建议与总结
对用人单位的建议：用人单位在制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并经过合法程序制定。在处理员工拒绝配合劳动能力鉴定的情况时，应首先评估员工的工作能力，提供合适的工作岗位，并遵循法定程序解除劳动合同。
对劳动者的建议：劳动者应了解自身权益，积极配合用人单位进行劳动能力鉴定。若认为用人单位的处理方式不当，应及时通过法律途径维护自身合法权益。
总结：公司制度中规定“医疗期结束员工拒绝配合劳动能力鉴定属于严重违纪可辞退”的条款是否合法，需根据具体情况判断。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保在辞退员工时遵循合法程序；劳动者也应了解自身权益，积极配合用人单位的工作安排。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。