自然资源部门在作出违建认定时，应当告知当事人。以下从法律背景、告知内容、法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
根据行政执法的一般原则和程序要求，行政机关在作出对当事人不利的具体行政行为时，应当履行告知义务。这是为了保障当事人的知情权、参与权和申辩权，确保行政行为的合法性和公正性。在违建认定这一具体行政行为中，自然资源部门作为行政机关，同样需要遵循这一原则。
告知内容
自然资源部门在作出违建认定时，应当告知当事人的内容主要包括：
- 认定事实：即当事人所建建筑物或构筑物被认定为违建的具体事实和依据。
- 法律依据：即认定违建所依据的法律法规条款。
- 当事人权利：包括当事人有权进行陈述和申辩，有权要求听证（在符合法定条件的情况下），以及有权对认定结果提起行政复议或行政诉讼等。
法律后果
如果自然资源部门在作出违建认定时未履行告知义务，可能会产生以下法律后果：
- 行政行为违法：未履行告知义务的行政行为可能被认定为违法，从而面临被撤销或确认无效的风险。
- 当事人权利受损：当事人可能因未获告知而错过陈述申辩、听证等权利行使的机会，导致其合法权益受损。
- 行政机关责任：行政机关可能因未履行告知义务而承担相应的法律责任，包括被责令重新作出行政行为、赔偿当事人损失等。
具体实施中的告知要求：
- 在决定实施行政检查（包括违建认定检查）前，自然资源部门应向被查单位送达《检查通知书》，告知检查时间、内容和适用的法律法规，以及检查人员信息。
- 实施检查时，应有两名以上执法人员向当事人或有关人员表明身份，告知检查内容和要求，检查的依据，以及被查人员依法应享有的权利和依法应履行如实提供相关情况的义务。
- 在作出行政处罚（包括违建认定后的处罚）决定前，行政执法人员应告知当事人违法行为事实、所承担的法律责任、适用的法律依据和依法享有的陈述申辩权，数额较大的还享有要求组织听证的权利。
建议：
- 如果您收到了自然资源部门的违建认定通知，但未获告知相关权利或认定事实不清，您可以及时提出陈述和申辩，或要求听证。
- 如果您对违建认定结果不服，您可以依法提起行政复议或行政诉讼，维护自己的合法权益。
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