若被调查人死亡且已查实部分犯罪事实，案件处理方式需结合具体情形，分情况说明如下：

1. 案件终止程序
   根据《刑事诉讼法》第十六条，若被调查人死亡且不存在需要追究的刑事责任（如犯罪情节显著轻微、已过追诉时效等），检察机关或侦查机关应依法作出终止审理或撤销案件的决定。例如，若查实的犯罪事实仅涉及轻微违法行为，且被调查人无其他重大犯罪嫌疑，案件将直接终止。

2. 没收违法所得程序
   若查实的犯罪事实涉及违法所得（如贪污、受贿、诈骗等财产性犯罪），且被调查人死亡后仍有财产需要追缴，检察机关可依据《刑事诉讼法》第二百九十八条，向法院提出没收违法所得的申请。法院将通过特别程序审理，若认定财产确属违法所得，将依法没收并上缴国库。此程序不涉及对被调查人的刑事定罪，仅针对财产处置。

3. 继续调查与证据固定
   即使被调查人死亡，若查实的犯罪事实涉及共同犯罪或上下游犯罪（如组织、领导传销活动罪中的主犯死亡，但其他参与者仍在案），侦查机关仍需继续调查，固定相关证据（如书证、物证、证人证言等），以追究其他责任人员的刑事责任。例如，在贪污贿赂案件中，若行贿人已死亡但受贿人仍在案，侦查机关需通过其他证据证明受贿事实。

4. 民事赔偿与行政处罚的衔接
   若犯罪行为同时造成民事损害（如交通事故致人死亡后肇事者死亡），被害人或其家属可通过民事诉讼向被调查人的遗产继承人主张赔偿。此外，若犯罪行为违反行政法规（如环境违法），行政机关仍可对被调查人的遗产或相关责任主体（如企业）作出行政处罚，但需注意行政处罚的时效性和程序合法性。

实务建议：

• 侦查机关应全面固定已查实的犯罪证据，避免因被调查人死亡导致证据灭失；
  
• 检察机关需区分案件性质，对符合没收程序的案件及时启动特别程序；
  
• 被调查人家属应配合调查，主动申报财产以避免被认定为违法所得；
  
• 共同犯罪案件中，其他嫌疑人不得因主犯死亡而中断辩护策略，需针对已查实事实准备证据。
  

若有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。