针对您提出的“违纪违法人员已将受贿款退给行贿人，该款办案时如何收缴”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，受贿人退给行贿人的款项，本质上仍然是违法所得的赃款。根据相关法律规定，违法犯罪分子违法犯罪所得的一切财物，即赃款赃物，都应当被依法追缴。

在受贿人将赃款退给行贿人的情况下，追缴的对象应当根据具体情况来确定。一般来说，我们会遵循“谁占有违法所得谁返还”的原则。由于行贿人此时实际占有了该笔款项，且其取得该款项并无合法依据，因此司法机关有权向行贿人追缴该部分款项。

同时，我们还需要考虑到案件的实际情况和方便执行的角度。向行贿人追缴赃款，不仅符合罪责相适应的原则，也有利于案件的顺利执行。因为如果对受贿人追缴，而不追缴行贿人，实际上受贿人交出的是其另外的款物，这并不符合追缴赃款的本意。而对于行贿人来说，如果其送出的贿赂款还能得以收回，没有相应的经济损失，这势必会造成对行贿人的纵容，不利于打击腐败行为。

此外，如果受贿人用受贿款进行了正当交易并购买了物品，且该物品仍然存在，那么司法机关可以直接追缴该物品。如果物品已经消耗或者无法追回，那么可以向受贿人追缴折价款。

最后，如果受贿人将款项转移给了明知是受贿款的第三人，那么司法机关也可以向该第三人追缴该部分款项。这是因为第三人明知是受贿款而接受，其取得该款项并无合法依据，应当承担相应的法律责任。

综上所述，针对违纪违法人员已将受贿款退给行贿人的情况，司法机关在办案时会根据具体情况向行贿人追缴赃款，或者追缴受贿人用受贿款购买的物品或折价款，以及向明知是受贿款的第三人追缴款项。这样做既符合法律规定，也有利于打击腐败行为，维护社会的公平和正义。