当受贿人已将钱款退还行贿人时，对于如何收缴这些财物，我们需要遵循一定的法律原则和程序。以下是对此问题的详细解答：
一、追缴原则
首先，我们要明确的是，受贿钱款即使已经退还，仍然属于违法所得，应当依法予以追缴。追缴对象需根据具体情况确定，通常遵循“谁占有违法所得谁返还”的原则。也就是说，如果行贿人取得了该款项且无法律依据，那么司法机关可以向行贿人追缴。
二、追缴方式
由监察机关或检察机关直接追缴：
- 监察机关在调查过程中，对违法取得的财物及孳息有权决定追缴或责令退赔，并可以依法要求公安机关提供协助。
- 检察机关在办理职务犯罪案件时，也会对涉案财物进行查封、扣押、冻结，并在案件审结后依法作出处理。
通过人民法院判决追缴：
- 在受贿案件的审判过程中，人民法院会根据查明的事实和法律规定，对受贿人退还给行贿人的赃款作出处理。如果认定该款项为受贿所得，法院将依法判决追缴。
利用反洗钱机制追缴：
- 如果退还给行贿人的赃款涉及洗钱等违法犯罪活动，相关部门可以利用反洗钱机制进行调查和追缴，如追踪资金流向、查询银行账户交易记录等。
三、特殊情况处理
- 如果受贿人用受贿款进行了正当交易购买了物品，且物品仍然存在，那么司法机关可以直接追缴该物品。
- 如果受贿人将款项转移给了明知是受贿款的第三人，那么司法机关可以向该第三人追缴该部分款项。
四、法律依据
- 《中华人民共和国刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。
- 《中华人民共和国监察法实施条例》第二百零九条明确了监察机关对违法取得的财物及孳息的追缴权力。
- 其他相关法律法规，如《中华人民共和国刑事诉讼法》、《中华人民共和国反洗钱法》等，也为赃款的追缴提供了法律依据。
综上所述，当受贿人已将钱款退还行贿人时，司法机关会根据具体情况和法律规定，采取相应的追缴措施，以确保违法所得被依法追回。