员工因身体不能胜任工作被辞退时，是否有赔偿取决于辞退行为的合法性及相关程序是否得到遵守。以下是对此问题的详细分析：
一、合法辞退情形下的经济补偿
前提条件：
- 员工确实存在因身体原因不能胜任工作的情况，且用人单位有充分证据予以证明，如医疗证明、工作表现评估等。
程序要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条，若员工不能胜任工作，用人单位应先对其进行培训或调整工作岗位。若经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作，用人单位方可解除劳动合同。
- 用人单位需提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，方可解除劳动合同。
经济补偿：
- 在此情况下，用人单位需向员工支付经济补偿。经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
二、违法辞退情形下的赔偿
程序不合法：
- 如果用人单位未按照法律规定的程序进行操作，如未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，且未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
缺乏证据：
- 若用人单位无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
赔偿责任：
- 在违法辞退的情况下，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。赔偿金计算基于员工在本单位工作的年限，每满一年支付两个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。
三、特殊情况下的责任
- 如果员工不能胜任工作是由于用人单位未提供适当的劳动条件或未进行必要的职业健康检查等造成的，用人单位在解除劳动合同时可能需要承担更大的责任，包括但不限于支付额外的经济补偿或赔偿金。
四、实际案例分析
- 假设员工小张在某公司工作了2年，月平均工资为5000元。若公司以小张不能胜任工作且经过培训后仍不能胜任为由合法解除劳动合同，则需向小张支付2个月工资的经济补偿，即10000元。若公司未提前三十日书面通知，还需额外支付一个月工资5000元。
- 若公司无任何证据证明小张不能胜任工作就直接将其辞退，则属于违法解除劳动合同，应向小张支付赔偿金。赔偿金将为经济补偿（2×5000=10000元）的二倍，即20000元。
五、建议与总结
- 对于员工：若因身体原因不能胜任工作，应首先与用人单位沟通，了解是否有可能进行培训或调整工作岗位。若用人单位决定辞退，应要求其按照法律规定支付经济补偿或赔偿金。
- 对于用人单位：在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。同时，应严格按照法律规定的程序进行操作，以避免不必要的法律风险。
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