若在税务约谈时发现合同丢失，核心处理原则是及时采取补救措施，避免因证据缺失导致税务风险。具体处理方式如下：

1. 立即补办或调取合同副本
   若合同为书面形式，应第一时间联系合同相对方（如客户、供应商等）补签或出具合同复印件，并加盖公章确认与原件一致。若合同已备案（如不动产交易合同需在房管部门备案），可向备案机构申请调取存档文件。
   法律依据：根据《民法典》第四百六十九条，书面合同包括纸质原件、复印件、电子合同等，只要能证明双方真实意思表示，均可作为证据。

2. 提供其他辅助证据证明交易真实性
   若合同无法补办，需收集其他证据形成证据链，例如：

   • 付款凭证（银行流水、发票等）；
     
   • 交货/服务记录（物流单、验收单、服务报告等）；
     
   • 沟通记录（邮件、微信、录音等，需证明与合同相关）；
     
   • 第三方证明（如物流公司出具的运输证明、第三方检测报告等）。
     税务风险点：税务机关可能以“证据不足”为由核定征税，需通过完整证据链证明业务真实性。

3. 主动向税务机关说明情况并配合调查
   在约谈中应如实告知合同丢失原因（如保管不善、火灾等不可抗力），并提交已收集的辅助证据。若因客观原因无法提供合同，可申请税务机关给予合理期限补充材料。
   注意事项：避免隐瞒或伪造证据，否则可能被认定为“偷税”或“骗税”，面临罚款甚至刑事责任。

4. 预防性措施：完善合同管理制度
   后续应建立合同归档制度，例如：

   • 纸质合同扫描存档，备份至云端；
     
   • 重要合同在公证处或第三方平台存证；
     
   • 定期检查合同保管情况，避免因人员变动导致丢失。
     合规意义：完善的合同管理可降低税务稽查风险，同时避免民事纠纷中举证不能。

若合同丢失已导致税务争议（如被要求补税），可进一步通过行政复议或诉讼主张权利，但需以充分证据为前提。 如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合业务类型、合同条款等进一步分析。