房产证与土地使用证不符是不合法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第二百一十七条的规定：“不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。”房产证和土地使用证作为不动产权属证书，其记载的事项应当保持一致。若两者不符，除非有证据证明不动产登记簿存在错误，否则应以不动产登记簿为准。
二. 房产证与土地使用证的关系
- 房产证：是购房者合法所有权的凭证，证明购房者对特定房屋享有所有权。
- 土地使用证：是确认土地使用权的法律凭证，证明土地使用者对特定土地享有使用权。
两者共同证明了房主对房产及土地使用权的合法拥有。在房产交易中，房产证和土地使用证缺一不可，任何一证的缺失或不符都可能影响房产的合法性和交易安全。
三. 处理建议
确认不一致的原因：
- 若是由于登记时的疏忽或错误导致，应提供相关证据，向不动产登记机构申请更正。
- 若因土地使用权和房屋产权的变动未同步更新，需了解背后的法律关系和变动原因。
申请更正登记：
- 购房者可以持相关证据资料，分别向房管局和国土局申请异议登记，由发生错误的部门进行更正。
- 异议登记是利害关系人对不动产登记簿记载的权利提出异议并记入登记簿的行为，是在更正登记不能获得权利人同意后的补救措施。
咨询专业律师：
- 因房产和土地问题涉及复杂的法律关系，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以确保自身权益得到妥善保护。
四. 实例说明
- 例如，某购房者购买了一套二手房，但在办理过户手续时发现房产证上的房屋面积与土地使用证上的土地面积不符。经过调查，发现是原房主在办理土地使用证时登记错误。在此情况下，购房者应向国土局提供相关证据，申请更正土地使用证上的面积信息，以确保房产证和土地使用证的一致性。
总结：房产证与土地使用证不符是不合法的，购房者应尽快确认不一致的原因，并按照相关法律规定申请更正登记。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。