当法院判决继续履行合同，但对方不配合时，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

一、申请强制执行

1. 准备材料：在判决书规定的履行期限结束后，向作出判决的法院提交强制执行申请。申请时需准备好强制执行申请书、生效法律文书（如判决书、裁定书）等相关材料。
2. 法院受理：法院受理申请后，会依法对被执行人的财产进行查询，并采取一系列执行手段，如冻结、划拨被执行人的银行存款，扣留、提取其工资、奖金等收入，对其名下的房产、车辆等财产进行查封、扣押、拍卖、变卖等。

二、要求对方承担违约责任

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若法院判决继续履行合同后，对方仍不履行，则构成违约，您有权要求其承担因违约给您造成的经济损失。
2. 要求支付迟延履行金：在申请强制执行时，您可以一并要求被执行人支付迟延履行金。根据法律规定，被执行人未按判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。

三、追究刑事责任（如适用）

1. 拒不执行判决、裁定罪：如果对方有能力执行却故意拒不执行，且情节严重，就可能触犯拒不执行判决、裁定罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对人民法院的判决、裁定有能力执行而拒不执行，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
2. 报案与公诉：若对方的行为构成拒不执行判决、裁定罪，您可以向公安机关报案，由公安机关立案侦查并移送检察机关提起公诉。在刑事诉讼过程中，您还可以提起附带民事诉讼，要求对方赔偿因违约给您造成的经济损失。

四、积极配合法院工作

1. 提供财产线索：在整个执行过程中，您要积极配合法院的工作，主动提供被执行人的财产线索，如其可能隐藏的存款账户、其他房产等信息。这样能保障执行程序顺利推进，让合同得以继续履行，有效维护自身的合法权益。
2. 关注执行进展：及时与执行法院沟通，了解执行进展缓慢的原因。若法院消极执行，您可向上一级法院申请提级执行或指令其他法院执行。

五、其他应对措施

1. 与对方协商：在采取法律手段之前，您可以尝试与对方进行沟通，了解其不履行合同的原因，并寻求解决方案。在协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的表达和行为。
2. 寻求法律援助：若您对法律程序不熟悉或担心无法有效维护自己的权益，可以寻求法律援助机构的帮助。法律援助机构将为您提供免费的法律咨询和代理服务。

示例说明：

假设您与某公司签订了一份货物买卖合同，后因合同履行问题诉至法院，法院判决该公司继续履行合同。然而，判决书规定的履行期限届满后，该公司却拒不履行。此时，您可以按照上述步骤向法院申请强制执行，并提供该公司的财产线索。法院受理申请后，会依法对该公司的财产进行查询和执行。若该公司有能力执行却故意拒不执行，且情节严重，您还可以向公安机关报案，追究其刑事责任。

总之，当法院判决继续履行合同但对方不配合时，您应积极采取法律手段来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。