若认为纪委查案子不合法，可按以下途径处理：

1. 通过内部监督机制反映
   纪委系统内部设有监督机制，如上级纪委或纪检监察干部监督室。若认为办案程序违法（如超期羁押、违规取证等），可向上一级纪检监察机关提交书面申诉材料，要求核查办案合法性。需注意：
   

• 申诉需基于具体事实（如时间、地点、人员、违规行为），避免主观臆断；
  
• 需提供初步证据（如录音、书面记录、证人联系方式等），否则可能因证据不足被驳回。

1. 向同级党委或上级党委提出异议
   根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》，纪委办案需接受同级党委领导。若认为办案行为违反党纪或法律，可向同级党委常委会或上级党委提交书面报告，说明违规情形及法律依据。例如：
   

• 若纪委未按规定回避利益相关人员，可引用《中国共产党纪律检查机关控制案件工作若干规定》中关于回避的条款；
  
• 若采取非法手段取证，可结合《刑事诉讼法》中关于证据合法性的规定提出异议。

1. 通过信访渠道投诉
   若内部监督未获回应，可向中央纪委国家监委信访室或地方纪委监委信访部门提交书面投诉材料。需注意：
   

• 投诉需明确被投诉单位、人员、违规事实及诉求（如撤销错误处理、追究办案人员责任等）；
  
• 避免重复投诉或恶意诽谤，否则可能承担法律责任。

1. 申请行政复议或提起行政诉讼（限特定情形）
   若纪委的调查行为涉及行政处罚（如对非党员公职人员的政务处分），可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》申请复议或提起诉讼。但需注意：
   

• 纪委对党员的党纪处分不属于行政诉讼受案范围；
  
• 需在知道或应当知道行政行为之日起60日内申请复议，或6个月内提起诉讼。

风险提示：

• 纪委办案具有高度政治性和保密性，投诉需谨慎，避免泄露国家秘密或干扰办案；
  
• 若投诉内容不实，可能构成诬告陷害，需承担刑事责任（《刑法》第243条）；
  
• 建议在投诉前咨询专业律师，评估证据充分性及法律风险。

操作建议：

1. 整理所有相关证据（书面材料、录音、证人信息等）；
   
2. 撰写书面申诉/投诉材料，明确诉求及法律依据；
   
3. 通过EMS邮寄（留存邮寄凭证）或直接提交至受理部门；
   
4. 跟进处理进度，若超期未回复可再次催办。

如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我提问。