建筑公司只有营业执照没有资质证书，确实属于非法经营。以下从法律依据、违法后果及实际操作建议三个角度进行详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国建筑法》

   • 第十三条明确规定，从事建筑活动的建筑施工企业，必须按照其拥有的注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等资质条件，划分为不同的资质等级，并经过资质审查合格，取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。
   • 第二十六条进一步强调，承包建筑工程的单位必须持有依法取得的资质证书，并在其业务范围内承揽工程。严禁超越资质范围或以其他单位名义承揽工程。

2. 《建设工程质量管理条例》

   • 第二十五条也规定，施工单位应取得相应等级的资质证书，并在许可范围内承揽工程。禁止超越资质范围、以其他单位名义承揽或允许他人以本单位名义承揽工程。

二、违法后果

1. 行政处罚

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十五条，未取得资质证书承揽工程的，将被取缔，并处以罚款；有违法所得的，还将面临没收处罚。
   • 若发包单位将工程发包给不具有相应资质条件的承包单位，也将面临责令改正和罚款的处罚。

2. 法律责任

   • 在施工质量出现问题，尤其是导致安全事故（如坍塌、火灾）时，无资质的建筑公司及其负责人需承担严重的法律责任，包括但不限于民事赔偿责任和刑事责任。

3. 市场影响

   • 无资质经营还会对建筑公司的市场声誉造成负面影响，降低客户信任度，进而影响业务拓展和发展。

三、实际操作建议

1. 及时办理资质证书

   • 建筑公司应尽快按照相关法律法规的要求，办理相应的资质证书，确保在合法合规的范围内开展业务。

2. 选择有资质的合作伙伴

   • 在与其他建筑公司或个人合作时，应仔细核查其是否持有有效的建筑业企业资质证书，避免与无资质的单位或个人合作。

3. 加强内部管理

   • 建筑公司应建立健全内部管理制度，确保所有业务活动都在资质证书许可的范围内进行，避免超越资质范围承揽工程。

4. 积极应对监管与维权

   • 对于发现的建筑公司无资质经营行为，应及时向相关监管部门举报。同时，若因无资质公司导致的损失，可通过法律途径进行维权。

总结与建议：建筑公司只有营业执照没有资质证书是非法经营行为，不仅可能面临行政处罚和法律责任，还可能对市场声誉造成负面影响。因此，建筑公司应尽快办理相应的资质证书，确保在合法合规的范围内开展业务。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。