结论是：4S店留着购车合同并不影响其为您开具发票，二者是独立的法律行为。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同与发票的法律性质不同

• 购车合同：是您与4S店之间就车辆买卖达成的协议，明确双方权利义务（如车价、交付时间、违约责任等）。合同由双方各执一份是惯例，但法律并未强制要求4S店必须留存您的合同原件。即使4S店保留合同，也不影响其履行开票义务。
• 发票：是销售方向购买方出具的付款凭证，具有法定证明效力。根据《中华人民共和国发票管理办法》，4S店在收到您支付的购车款后，必须向您开具正规发票，这是其法定义务，与合同是否留存无关。

2. 4S店留存合同的可能原因

• 内部管理需要：4S店可能将合同用于财务核对、业绩统计或客户档案管理，但这属于其内部操作，与您是否取得发票无直接关联。
• 风险控制：部分4S店可能通过留存合同避免纠纷（如您主张未付款或车辆质量问题），但此举不能成为拒绝开票的理由。

3. 若4S店拒绝开票，您可采取的措施

• 明确要求：首先向4S店提出书面或录音要求，明确指出其开票义务，并保留沟通记录。
• 投诉举报：若4S店仍拒绝，可向当地税务机关举报（拨打12366纳税服务热线），税务部门将责令其限期改正，并可能处以罚款。
• 法律途径：若因未开票导致您无法上牌、缴纳税费或产生其他损失，可向法院起诉要求4S店承担违约责任。

4. 您的权利与注意事项

• 权利：您有权要求4S店在交付车辆时同步提供发票，且发票内容（如车辆信息、金额）必须与合同一致。
• 注意事项：
  • 核对发票信息是否准确，避免因信息错误导致后续手续受阻；
  • 保留好付款凭证（如转账记录、收据），与发票、合同共同构成完整证据链。

总结：4S店留存购车合同是其内部行为，不影响您要求开票的权利。若遇开票问题，可先协商，协商不成则通过税务投诉或法律途径解决。如有其他细节需要进一步分析，欢迎随时向我提问。