员工在同一用人单位连续工作期间发生两次工伤，应逐次分别认定为工伤并进行劳动能力鉴定，赔偿时每次工伤都应按照鉴定结果和当地政策规定分别享受相应的工伤保险待遇，其中一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金按多次工伤中的最高伤残等级计发。以下是对此问题的详细分析：

一、工伤认定与劳动能力鉴定

1. 分别认定：员工在同一用人单位连续工作期间多次发生工伤，只要每次工伤都符合《工伤保险条例》的规定，就应逐次分别认定为工伤。这意味着，每次工伤都是一个独立的法律事件，需要单独进行认定和处理。

2. 分别鉴定：对于每一次工伤，员工都需按照规定进行劳动能力鉴定，以确定伤残等级。伤残等级是确定工伤保险待遇的重要依据，不同等级的伤残对应不同的赔偿标准。

二、赔偿项目及支付方式

1. 一次性伤残补助金：

   • 支付方式：由工伤保险基金按伤残等级支付。
   • 次数计算：每次工伤达到伤残等级，员工均可享受对应等级的一次性伤残补助金。例如，十级伤残为7个月本人工资，九级伤残为9个月本人工资，以此类推。

2. 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：

   • 支付条件：劳动合同期满终止或员工提出解除劳动合同时支付。
   • 支付方式：一次性工伤医疗补助金由工伤保险基金支付，一次性伤残就业补助金由用人单位支付。
   • 次数计算：这两项补助金按多次工伤中的最高伤残等级计发。也就是说，如果员工有两次工伤，分别被鉴定为十级和九级伤残，那么当劳动合同期满终止或员工提出解除劳动合同时，这两项补助金将按照九级伤残的标准发放。

3. 其他赔偿项目：

   • 医疗费、康复费、住院伙食补助费等：根据实际发生情况，由工伤保险基金或用人单位支付（未缴纳工伤保险时）。
   • 停工留薪期工资：工伤期间，员工的原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

三、地区差异与政策咨询

由于不同地区可能有关于工伤赔偿次数或累计赔偿限额的特殊规定，因此在处理此类情况时，建议及时咨询当地的劳动保障部门或专业律师，以了解具体的法律规定和政策。这样可以确保员工的权益得到妥善保障，避免因不了解政策而遭受损失。

四、具体案例说明

假设某员工在同一工厂工作期间先后发生两次工伤，分别被鉴定为十级和九级伤残。根据规定，该员工可分别获得一次性伤残补助金（十级为7个月本人工资，九级为9个月本人工资）。当其与工厂解除劳动合同时，一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金将按照九级伤残的标准发放（具体金额依当地规定）。

综上所述，对于同一家工厂发生的多次工伤，应依法进行逐次认定和鉴定，并根据每次工伤的情况分别享受相应的工伤保险待遇。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。