法院不按“拒不配合鉴定须承担不利后果”进行判决，在符合法律规定和案件事实的情况下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与原则
在民事诉讼中，举证责任分配遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。
当一方申请司法鉴定，且该鉴定对查明案件事实至关重要时，另一方有配合鉴定的义务。如果拒不配合，导致鉴定无法实施，无法认定需要通过鉴定确定的案件事实，此时应当推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立。因为负有举证责任一方在向法院申请鉴定并得到法院准许时，已经完成举证义务，此时举证责任转移到应当配合鉴定的另一方。另一方只有配合鉴定才能完成其举证义务，其拒不配合鉴定，视为放弃举证，应当对案件事实的举证不能承担不利后果。
二、法院判决的合法性分析
法院判决的依据：法院在作出判决时，必须依据事实和法律。如果被告拒不配合鉴定，导致关键证据缺失，法院无法直接认定相关事实，但可以根据其他证据和法律规定，进行合理推断。如果推断结果对被告不利，且符合法律规定和案件事实，那么法院不按“拒不配合鉴定须承担不利后果”的明确表述进行判决，而是依据推断结果作出判决，是合法的。
判决的合理性：在民事诉讼中，法院的判决应当公平、公正，保护双方当事人的合法权益。如果被告拒不配合鉴定，导致案件事实无法查清，法院在无法直接认定相关事实的情况下，根据其他证据和法律规定进行推断，并作出对被告不利的判决，这种判决是合理的。因为被告的不配合行为，实际上是对自己举证责任的放弃，应当承担相应的法律后果。
三、可能的情况与后果
被告拒不配合鉴定，但法院根据其他证据作出判决：在这种情况下，如果法院根据其他证据能够合理推断出相关事实，并作出对被告不利的判决，那么这种判决是合法的。因为被告的不配合行为，并没有阻止法院根据其他证据查明案件事实。
被告拒不配合鉴定，导致案件事实无法查清：在这种情况下，如果法院无法根据其他证据查明案件事实，且被告的不配合行为是导致案件事实无法查清的主要原因，那么法院可能会根据举证责任分配的原则，推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立，并作出对被告不利的判决。这种判决也是合法的，因为被告的不配合行为违反了其举证义务。
四、建议与提醒
积极配合鉴定：在民事诉讼中，如果一方申请司法鉴定，另一方应当积极配合。因为拒不配合鉴定可能导致法院作出对自身不利的判决。
提供充分证据：无论是否配合鉴定，当事人都应当提供充分的证据来支持自己的主张。因为证据是法院认定案件事实的基础。
咨询专业律师：如果您在民事诉讼中遇到类似问题，建议咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
举例说明：假设在一起侵权损害赔偿案件中，原告申请对伤残等级进行司法鉴定，但被告拒不配合。如果法院无法根据其他证据查明伤残等级，且被告的不配合行为是导致伤残等级无法查清的主要原因，那么法院可能会根据举证责任分配的原则，推定原告所主张的伤残等级成立，并作出对被告不利的判决。这种判决是合法的，因为被告的不配合行为违反了其举证义务。