结论前置：

1. 在民事诉讼中，若对方不配合亲子鉴定，法院可依据起诉方提供的必要证据及对方拒绝鉴定的行为，作出对拒绝方不利的推定。
2. 在刑事案件中，司法机关有权强制进行亲子鉴定，拒绝配合可能面临训诫、罚款、拘留等法律后果。

详细分析：

一、民事诉讼中的处理

在民事诉讼中，涉及亲子关系确认或否认的案件，若一方不配合进行亲子鉴定，法院的处理方式主要依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条。该条款规定：

• 父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。
• 父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。

具体应对措施：

1. 起诉方提供证据：起诉方需尽可能收集能证明亲子关系存在或不存在的证据，如分居证明、证人证言、容貌相似度、生活习惯相似性及被请求方的相关承认记录等。
2. 向法院申请亲子鉴定：在诉讼过程中，起诉方可向法院提出亲子鉴定申请，由法院根据案件具体情况要求另一方配合。
3. 对方拒绝的后果：若对方无相反证据且拒绝鉴定，法院将结合其他证据和事实情况，依法作出对拒绝方不利的推定。

二、刑事案件中的处理

在涉及刑事案件的亲子关系鉴定中，如拐卖儿童案，为确定儿童身份及亲子关系，司法机关可依职权强制要求进行亲子鉴定，以维护社会公共利益和打击犯罪。强制鉴定需严格遵循法定程序，确保当事人合法权益不受侵犯。

拒绝配合的后果：

若相关人员拒绝配合司法机关的强制鉴定要求，可能被视为妨碍司法程序，并依据情节轻重受到训诫、罚款、拘留等处罚。

三、其他建议

1. 深入沟通：尝试与对方进行深入沟通，解释亲子鉴定的重要性和必要性，以及其对解决抚养权、继承权等问题的作用，消除对方的疑虑和误解。
2. 收集其他证据：积极寻找并收集医疗记录、出生证明、证人证言等其他类型的证据，以在一定程度上替代亲子鉴定的作用，并由法院或其他相关机构评估其效力和可信度。
3. 通过法律途径解决争议：若所有方法均无法解决问题，可考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式来维护自身权益。在此过程中，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结：

亲子鉴定不配合的处理方式需根据具体法律场景而定。在民事诉讼中，法院可依据起诉方提供的证据及对方拒绝鉴定的行为作出不利推定；在刑事案件中，司法机关有权强制进行亲子鉴定，拒绝配合可能面临法律后果。若你遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。