商场商铺楼上卫生间的下水管从您的商铺顶部穿过，是否合法需分情况讨论：
若下水管属于公共设施且设计合理：
- 根据一般的建筑设计和物业管理规定，商场内的下水管等公共设施通常需要合理布局，以确保整个建筑物的正常使用。如果该下水管是商场公共设施的一部分，且其设计、安装符合建筑规范和安全标准，同时没有侵犯到您的商铺正常使用权益（如造成噪音、漏水等影响），那么这种布局通常是合法的。
- 在此情况下，您作为商铺业主，需要接受并适应这种公共设施的布局。当然，如果下水管存在设计缺陷或维护不当导致的问题，您有权要求物业公司进行修复或整改。
若下水管属于私人改造且未经同意：
- 如果该下水管并非商场原始设计的一部分，而是后来由楼上业主或物业公司未经您同意私自改造或安装的，且这种改造对您的商铺造成了实质性的影响（如结构安全、使用功能受限等），那么这种行为可能是不合法的。
- 在此情况下，您有权要求停止侵害、恢复原状，并可以寻求法律途径维护自己的合法权益。具体来说，您可以先与物业公司或楼上业主协商解决；协商不成的，可以向相关部门投诉或提起诉讼。
法律建议：
- 首先，建议您查看商场的建筑设计图纸和物业管理规定，了解该下水管的性质和布局是否符合相关规定。
- 其次，如果下水管的存在确实对您的商铺造成了影响，您可以先与物业公司或楼上业主进行沟通，表达您的关切和诉求，尝试通过协商解决问题。
- 如果协商无果，您可以考虑向当地的房地产管理部门、城市规划部门或消费者协会等相关部门投诉，寻求行政调解或行政处罚。
- 最后，如果问题仍然无法得到解决，您可以咨询专业律师（即我本人），通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果下水管属于合法公共设施且设计合理，您需要接受并适应其存在；若因此产生纠纷，您可能需要承担一定的举证责任来证明其对您造成了实质性影响。
- 如果下水管属于私人改造且未经同意，您有权要求停止侵害并恢复原状；若对方拒不履行，您可能需要通过法律途径来强制执行，并可能获得相应的赔偿。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。