小产权合同是否可以仲裁需视具体情况而定，但通常情况下，小产权房合同纠纷难以通过仲裁解决。以下从不同角度进行分析：
一、小产权房的性质与仲裁的适用性
小产权房通常是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关土地出让手续及房产证等合法证件，其产权不合法，不符合法律规定的可仲裁的财产范围。仲裁是双方当事人根据他们之间订立的仲裁协议，自愿将其争议提交由非司法机构的仲裁员组成的仲裁庭进行裁判，并受该裁判约束的一种制度。然而，对于小产权房这类存在产权瑕疵的房产，由于其产权不合法，仲裁机构通常不受理其仲裁申请。
二、合同效力与仲裁的可能性
合同有效且约定仲裁条款：
- 若小产权房买卖合同不存在违反法律法规强制性规定的情形，如恶意串通损害国家、集体或第三人利益等，且双方在合同中明确约定了仲裁条款，表示愿意将纠纷提交仲裁解决，那么理论上可以依据有效的仲裁协议申请仲裁。
- 但实际上，由于小产权房的产权问题，仲裁机构可能会对合同的效力产生质疑，从而拒绝受理仲裁申请。
合同无效或可撤销：
- 如果小产权房买卖合同存在无效或可撤销的法定事由，如违反土地管理法规、未取得合法建设审批手续等，那么即使合同中约定了仲裁条款，仲裁机构也可能不会受理，或者受理后作出裁决，但该裁决可能因合同无效而难以得到法律的完全支持。
三、法律风险与替代解决方案
法律风险：
- 小产权房交易存在诸多法律风险，如房屋无法办理过户手续、拆迁补偿难以保障等。这些风险可能导致合同纠纷难以通过仲裁或诉讼等法律途径得到有效解决。
替代解决方案：
- 对于小产权房合同纠纷，通常只能通过协商、诉讼等方式来处理。但诉讼也可能面临法律适用等方面的困难，因为小产权房的交易在合法性上存在争议。
- 在处理小产权房合同纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商解决，以减少法律风险和成本。如果协商无果，可以考虑向法院提起诉讼，但需注意诉讼可能面临的法律适用和执行难题。
四、具体建议
- 谨慎交易：在涉及小产权房交易时，务必谨慎对待，充分了解相关法律法规和政策，避免陷入法律纠纷。
- 明确约定：如果双方坚持进行小产权房交易，并在合同中约定了仲裁条款，建议明确约定仲裁机构的名称、仲裁规则等具体内容，以增加仲裁协议的有效性。但需注意，即使约定了仲裁条款，也可能因小产权房的产权问题而难以得到仲裁机构的受理。
- 寻求专业帮助：在处理小产权房合同纠纷时，建议当事人寻求专业律师的帮助，以了解相关法律法规和政策，制定合理的解决方案。
总结来看，虽然理论上小产权房合同在特定条件下可以约定仲裁，但实际上由于小产权房的产权问题，仲裁机构通常不受理其仲裁申请。因此，在处理小产权房合同纠纷时，当事人应谨慎对待，并考虑通过协商、诉讼等替代方式来解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。