关于政府采购费用经与当事人协商后双方约定减免部分费用是否符合规定的问题，这需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、从政府采购法律法规的角度
政府采购合同的基本原则：
- 政府采购合同应当遵循公平、公正、公开和诚实信用的原则。这意味着合同的签订和履行应当基于双方的真实意愿和合法目的，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
合同变更的合法性：
- 如果在政府采购合同履行过程中，因特殊情况（如不可抗力、政策调整等）需要变更合同内容，包括费用减免，应当经过合法的程序。这通常包括双方协商一致、签订书面变更协议，并可能涉及相关部门的审批或备案。
- 如果未经合法程序擅自变更合同内容，特别是费用减免，可能构成违约行为，甚至可能涉及违法违规。
二、从实际操作和合规性的角度
协商减免的合理性：
- 在某些情况下，如供应商遇到经营困难或政府采购项目出现特殊情况，双方可能通过协商达成费用减免的协议。这种协商本身并不违法，但关键在于是否遵循了合法的程序和原则。
合规性审查：
- 在进行费用减免前，应当对减免的合理性、合法性进行审查。这包括审查减免的原因是否充分、减免的金额是否合理、是否损害了国家利益或社会公共利益等。
- 同时，应当确保减免协议的内容明确、具体，并符合相关法律法规的规定。
三、法律建议
遵循合法程序：
- 如果需要进行费用减免，应当确保遵循合法的程序，包括双方协商一致、签订书面变更协议，并可能涉及相关部门的审批或备案。
确保合规性：
- 在进行费用减免前，应当进行充分的合规性审查，确保减免的合理性、合法性，并避免损害国家利益或社会公共利益。
咨询专业意见：
- 如果对费用减免的合规性存在疑问，建议咨询专业的法律意见或向相关部门进行咨询，以确保操作的合法性和合规性。
案例说明：假设某政府采购项目中，供应商因不可抗力因素（如自然灾害）导致无法按时履行合同，且因此产生了额外的费用。在这种情况下，双方可以通过协商达成费用减免的协议，但应当确保遵循合法的程序，如签订书面变更协议，并可能涉及相关部门的审批或备案。如果未经合法程序擅自减免费用，可能构成违约行为或违法违规。
后续行动建议：如果您或您所在的机构面临类似的情况，建议首先审查政府采购合同的相关条款和法律法规的规定，确保费用减免的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。