建设单位不可以直接扣除全部工程款用于农民工工资，但工程款中包含的人工费用部分，可依法通过专用账户支付农民工工资。以下从不同角度为您详细分析：
一、工程款与农民工工资的性质差异
工程款是建设单位根据合同约定，支付给施工单位的用于工程建设的费用，主要包括材料费、机械费、人工费（但不特指农民工工资）等。而农民工工资则是由用工企业（或老板）根据与农民工之间的劳动关系或雇佣关系，直接支付给农民工个人的劳动报酬。二者在性质上属于不同的法律概念，工程款并不直接等同于农民工工资。
二、工程款中人工费用的支付方式
虽然工程款中包含了人工费用，但这部分费用并不等同于农民工工资的全部。根据相关法律法规，建设单位应向施工总承包单位提供工程款支付担保，并确保人工费用拨付周期不超过1个月。施工总承包单位则需开设农民工工资专用账户，专用于支付农民工工资。对于工程款中包含的人工费用部分，应通过该专用账户直接支付给农民工本人，以防止被挪用。
三、不能全部扣除工程款用于农民工工资的原因
工程款包含其他费用：工程款除了人工费用外，还包含材料款、机械租赁费等其他费用。如果全部扣除工程款用于农民工工资，将无法保障其他费用的支付，进而影响工程的顺利进行。
依法支付的要求：根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资应通过专用账户直接支付给农民工本人。这一规定旨在保障农民工的合法权益，防止工资被挪用或拖欠。如果建设单位直接扣除全部工程款用于农民工工资，可能违反这一规定，导致支付程序不合法。
四、合法支付农民工工资的建议
开设专用账户：施工总承包单位应按规定开设农民工工资专用账户，确保工资支付的规范性和透明性。
按流程支付：对于工程款中包含的人工费用部分，应通过专用账户直接支付给农民工本人，并保留好相关支付凭证。
依法处理纠纷：如果建设单位与施工总承包单位在工程款支付或农民工工资支付方面产生纠纷，应依法通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
五、可能面临的法律后果
如果建设单位违反相关规定，直接扣除全部工程款用于农民工工资，或者未通过专用账户支付农民工工资，可能面临以下法律后果：
行政处罚：相关部门可能对建设单位进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
民事责任：如果因支付不当导致农民工工资拖欠或其他损失，建设单位可能需承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
信用惩戒：违反相关规定的行为可能被纳入信用记录，对建设单位的信用评级和后续项目承接产生不利影响。
总结来看，建设单位在支付工程款时，应依法区分人工费用与其他费用，并通过专用账户支付农民工工资，以保障农民工的合法权益和工程的顺利进行。如果您在工程款支付或农民工工资支付方面遇到法律问题，可以直接向我咨询。