协议原件丢失后，其复印件在特定条件下可以作为证据使用，但通常不能单独作为认定案件事实的依据。具体来说，复印件作为证据的有效性取决于以下几个因素：
一、复印件可以作为证据的有效条件
有其他材料加以印证：
- 如果能找到与复印件内容相互印证的其他证据，如收据、聊天记录、证人证言等，形成完整的证据链，那么复印件可以作为认定事实的依据。例如，在一份借款合同纠纷中，如果借款协议书的复印件与借款收据、双方关于借款的通信记录等其他证据相互佐证，就可以证明借款事实的存在。
对方当事人对复印件的内容表示承认：
- 如果协议的另一方对复印件的真实性、内容等均无异议，明确表示认可，那么该复印件在双方之间可以视为有效证据。在诉讼过程中，如果对方当事人对复印件的真实性表示认可，法院通常会采纳该复印件作为证据。
二、复印件作为证据可能存在的问题
无法与原件核对且无其他佐证：
- 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，无法与原件核对的复制件不能单独作为认定案件事实的根据。如果复印件是孤证，没有其他证据与之相互印证，且原件已丢失无法找回进行核对，其真实性难以确定，复印件的证明力将大大减弱，甚至可能不被法院或相关机构认可。
真实性质疑：
- 复印件容易被篡改或伪造，因此其真实性往往容易受到质疑。如果对方对复印件的真实性提出异议，或者法院对复印件的真实性产生怀疑，那么复印件的效力将受到严重影响。
原件要求：
- 在某些法律程序或合同约定中，可能明确要求必须出示原件。此时，仅凭复印件可能无法满足要求，从而影响其效力。例如，某些官方机构或金融机构在办理业务时可能要求提供合同原件进行核实。
三、建议与措施
- 尽可能确保原件的安全和完整：在签订和保管协议书时，应采取妥善措施确保原件的安全，避免丢失或损坏。
- 寻找其他证据佐证：如果协议书原件不幸丢失，应尽快寻找其他证据来佐证复印件的真实性，如收据、聊天记录、证人证言等。
- 与对方当事人沟通：尝试与对方当事人进行沟通，争取其对复印件的认可，以减少在诉讼或仲裁过程中的争议。
- 咨询专业律师：在涉及法律程序时，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导，确保自身权益得到有效保护。
举例说明：假设你与一家公司签订了一份销售合同，但原件不慎丢失。在后续的纠纷中，你提供了合同的复印件作为证据。如果此时你能提供与该合同相关的发货单、收款凭证等其他证据，且这些证据与复印件内容相互印证，那么复印件就可以作为认定事实的依据。但如果无法提供其他证据，且对方对复印件的真实性表示质疑，那么复印件的效力将受到严重影响。
法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第九十条，无法与原件、原物核对的复制件、复制品不能单独作为认定案件事实的根据。因此，在使用复印件作为证据时，务必确保其满足上述有效条件之一。