若仲裁员不同意笔迹鉴定，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

一、明确仲裁员不同意的理由

首先，你需要了解仲裁员不同意笔迹鉴定的具体原因。仲裁员可能基于多种理由拒绝鉴定申请，例如：

1. 申请时间超出规定期限：如果笔迹鉴定申请未在仲裁程序规定的期限内提出，仲裁员可能会拒绝。
2. 鉴定事项与仲裁请求关联性不强：如果笔迹鉴定的事项与案件的核心争议点关联不大，仲裁员可能认为鉴定不必要。
3. 鉴定申请不符合法定要求：如申请材料不齐全、鉴定目的不明确等。

二、审视并纠正自身申请

在了解仲裁员不同意的理由后，你需要审视自己的申请是否存在问题。如果确实存在问题，如申请时间过晚、申请材料不齐全等，你可以考虑是否有合理理由进行解释或纠正。例如，如果因特殊原因导致申请时间延迟，你可以向仲裁员说明情况，并提供相关证据。

三、要求仲裁员说明决定依据

如果认为仲裁员拒绝鉴定的决定不合理，你可以依据相关仲裁规则及法律规定，要求仲裁员说明作出该决定的具体依据及理由。仲裁员有义务对其决定进行合理解释。

四、分析仲裁员的解释并提交书面意见

在收到仲裁员的解释后，你需要仔细分析其是否符合法律逻辑与仲裁程序。如果认为仲裁员的解释不合理或存在错误，你可以向仲裁院提交详细的书面意见，阐述申请鉴定的必要性及对案件公正裁决的重要性。在书面意见中，你可以引用相关法律法规、案例或专家意见来支持自己的观点。

五、在仲裁程序中充分阐述事实与证据

如果仲裁院依旧维持原决定，不同意进行笔迹鉴定，你可以在后续的仲裁程序中，通过充分阐述案件事实、证据等情况，强调鉴定结果对准确认定事实、公正裁决的关键作用。你可以向仲裁庭提供其他相关证据来支持自己的主张，并尝试通过其他方式来证明案件事实。

六、考虑其他法律途径

如果仲裁程序结束后，你仍然认为笔迹鉴定对案件结果有重大影响，且仲裁庭的裁决存在不公，你可以考虑通过诉讼等法律途径来进一步维护自己的权益。不过，这一步需要谨慎考虑，因为诉讼程序可能更加复杂和耗时。

举例说明：

假设你在一起劳动纠纷案件中，认为对方提供的劳动合同上的签名是伪造的，因此申请了笔迹鉴定。但仲裁员以“鉴定事项与仲裁请求关联性不强”为由拒绝了你的申请。在这种情况下，你可以：

1. 要求仲裁员详细解释为什么认为鉴定事项与仲裁请求关联性不强。
2. 提交书面意见，阐述笔迹鉴定对证明劳动合同真实性的重要性，以及如果劳动合同是伪造的，将如何影响案件的裁决结果。
3. 在仲裁程序中，提供其他证据来支持自己的主张，如证人证言、电子邮件往来等。

特别提醒：在整个过程中，保持与仲裁员的良好沟通至关重要。同时，务必确保自己的所有行为都符合法律法规和仲裁程序的要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。